女性感染支原体衣原体的原因有性传播（有性生活者可通过性接触传播，有多个性伴侣或不注意性生活卫生者风险高）、间接接触感染（接触被污染物品可能感染）、母婴传播（孕妇感染分娩时胎儿可能经产道感染）、机体免疫力下降（自身免疫力下降易受侵袭，长期劳累、睡眠不足、患慢性疾病者更易感染）、医源性感染（医疗操作中医疗器械消毒不彻底可致感染）。
对于有性生活的女性而言，支原体、衣原体可通过性接触传播。在无保护措施的性行为中，病原体容易在性伴侣之间相互传播，这是女性感染支原体、衣原体的常见途径之一。例如，多项流行病学调查显示，有多个性伴侣或不注意性生活卫生的女性，感染支原体、衣原体的风险明显高于性生活较为单一且注意卫生的女性。
间接接触感染
女性接触被支原体、衣原体污染的物品也可能感染。比如共用毛巾、浴盆等。虽然这种感染方式相对性传播概率较低，但在公共卫生环境较差或个人卫生习惯不良时仍有可能发生。例如，在一些公共浴室、宾馆等场所，如果物品被污染，健康女性接触后就可能感染支原体、衣原体。
母婴传播
孕妇感染支原体、衣原体后，在分娩过程中，胎儿经过产道时可能会被感染。这会导致新生儿出现结膜炎、肺炎等疾病。有研究表明，孕妇支原体、衣原体感染率较高时，其新生儿的感染风险也相应增加。
机体免疫力下降
女性自身免疫力下降时，容易受到支原体、衣原体的侵袭。例如，长期劳累、睡眠不足、患有慢性疾病（如糖尿病等）的女性，机体的免疫功能受到影响，对病原体的抵御能力减弱，就更容易感染支原体、衣原体。比如，糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体的免疫监视和防御功能受到干扰，相比健康人更易发生支原体、衣原体感染。
医源性感染
在医疗操作过程中，如果医疗器械消毒不彻底，也可能导致女性感染。例如，妇科检查、流产手术等侵入性操作，如果医疗器械被支原体、衣原体污染且未严格消毒，就可能使女性在接受操作后感染相关病原体。
