慢性肉芽肿性炎的治疗包括抗感染治疗，依药敏选合适抗生素治细菌感染、用抗真菌药治真菌感染；部分患者可考虑用免疫调节剂调节免疫功能；病情严重常规治疗不佳者可考虑造血干细胞移植重建免疫系统；还包括对症支持治疗，如营养支持、退热及器官功能维护等，不同患者治疗需考虑个体差异。
一、抗感染治疗
慢性肉芽肿性炎患者由于吞噬细胞功能缺陷，易反复发生细菌、真菌等感染，抗感染是重要治疗环节。对于细菌感染，可根据药敏试验选用合适抗生素，常见需氧菌如金黄色葡萄球菌等感染，可选用头孢类等抗生素；对于真菌感染，如曲霉菌等感染，可使用抗真菌药物。感染是慢性肉芽肿性炎患者常见且严重的并发症，积极有效的抗感染治疗能控制感染症状，降低感染对机体的进一步损害，不同年龄、病史的患者感染表现及对药物的反应可能不同，需密切监测感染相关指标并调整治疗方案。
二、免疫调节剂治疗
部分患者可考虑使用免疫调节剂，如干扰素-γ等，通过调节机体免疫功能，增强吞噬细胞的杀菌功能，从而有助于控制感染及炎症反应。但免疫调节剂的使用需严格掌握适应证和禁忌证，不同年龄患者对免疫调节剂的耐受性和疗效可能存在差异，有基础病史的患者使用时需更谨慎评估。
三、造血干细胞移植
对于病情严重、常规治疗效果不佳的患者，造血干细胞移植是一种有希望的治疗方法。通过移植正常的造血干细胞，重建患者的免疫系统，使吞噬细胞功能恢复正常，从而从根本上治疗慢性肉芽肿性炎。但造血干细胞移植存在一定风险，如移植相关并发症等，需要严格评估患者的病情、身体状况等，尤其对于儿童患者，要充分考虑其生长发育等因素对移植的影响，以及移植后的长期随访和护理等。
四、对症支持治疗
包括营养支持，保证患者摄入充足的营养物质，以维持机体正常的生理功能，提高机体抵抗力；对于出现发热等症状的患者，进行相应的退热等对症处理；对于出现器官功能损害的患者，进行相应的器官功能维护治疗等。不同年龄、生活方式的患者对症支持治疗的具体措施和重点可能不同，例如儿童患者需要更关注营养对生长发育的影响，而有不良生活方式的患者需要在治疗过程中指导其调整生活方式以促进康复。
