自发粉本身一般无严重危害，但不合理使用有问题，营养方面存在不均衡风险，膨松剂相关有铝含量蓄积影响神经及过量使用致胃肠不适问题，制作不当会因发酵过度或不足影响食品品质及口感等。
营养不均衡风险：自发粉通常是在普通面粉中添加了一定量的膨松剂等成分，其营养构成相对单一。如果长期主要以自发粉制作的食品为主食，而搭配的其他食物种类过于局限，可能导致营养摄入不均衡。例如，缺乏足够的维生素、矿物质等。从科学研究来看，人体需要多种营养素来维持正常生理功能，单一依赖自发粉制作的食品会使某些营养素摄入不足，影响身体的正常代谢等过程。对于不同年龄人群影响不同，儿童处于生长发育阶段，对营养均衡要求更高，长期如此可能影响生长发育；成年人则可能出现精力不集中、免疫力下降等情况。
膨松剂相关潜在影响
铝含量可能带来的风险：部分自发粉中使用的膨松剂可能含有铝元素，如硫酸铝钾等。如果长期大量食用含有较高铝含量膨松剂的自发粉制作的食品，铝在体内蓄积可能会对神经系统等产生一定影响。有研究表明，过量的铝可能干扰神经细胞的正常功能，影响记忆力等。对于孕妇来说，铝的蓄积可能会对胎儿的神经系统发育产生潜在不良影响；老年人由于身体代谢功能相对较弱，铝的排泄能力下降，更容易造成蓄积。
膨松剂过量使用的问题：如果自发粉中膨松剂添加过量，在制作食品过程中，比如蒸制或烤制时，可能会导致食品中膨松剂残留过多。食用后可能会引起胃肠道的不适，如腹胀、腹痛等。不同体质人群反应可能不同，敏感体质的人可能更易出现不适症状。
制作不当引发的问题
发酵过度或不足影响：如果在使用自发粉制作食品时，发酵条件控制不当，比如发酵温度、时间不合适，可能会使食品品质变差。发酵过度的食品可能会有异味，发酵不足的食品口感不佳。对于厨师等经常大量使用自发粉制作食品的人群来说，需要精准控制发酵条件，否则不仅影响食品的感官质量，还可能因为食品口感等问题影响消费者的接受度，但从健康角度，主要是口感等方面的问题，不过间接也可能影响食欲等。对于普通家庭制作来说，若发酵不当，可能造成食材浪费等情况，但从健康直接影响来看，主要是口感带来的间接影响。
