结石形成与代谢因素（尿钙、尿酸、胱氨酸代谢异常）、局部因素（尿路梗阻、尿路感染）、其他因素（年龄性别、生活方式、病史）相关，代谢因素中尿钙等浓度超溶解度、尿酸或胱氨酸代谢异常易致结石，局部因素中梗阻使结晶沉积并致感染、感染物可作核心促结石，其他因素里不同年龄性别发病有别、饮水少饮食结构不合理及有基础疾病者易患结石。
一、代谢因素
尿液成分异常：尿液中某些成分析出过多是结石形成的重要原因。例如，尿钙增高，当尿中钙、草酸、尿酸等浓度升高时，超过了尿液的溶解度，就容易析出形成结晶，进而发展为结石。高钙尿症可见于原发性甲状旁腺功能亢进等疾病，患者甲状旁腺激素分泌异常，导致血钙升高，尿钙随之增加。
尿酸代谢异常：尿酸排泄增加或尿酸生成增多可引起高尿酸尿症。尿酸结石多与尿酸代谢异常相关，痛风患者由于嘌呤代谢紊乱，尿酸生成过多，若尿酸不能及时排出体外，就容易在肾脏等部位形成尿酸结石。
胱氨酸代谢异常：胱氨酸尿症是一种常染色体隐性遗传性疾病，患者肾小管对胱氨酸、赖氨酸、精氨酸、鸟氨酸的重吸收障碍，导致尿中胱氨酸浓度升高，当超过其溶解度时，就会析出形成胱氨酸结石。
二、局部因素
尿路梗阻：尿路梗阻可导致尿液引流不畅，尿液中晶体和有机物质容易在局部沉积，促进结石形成。比如肾盂输尿管连接处狭窄，会使尿液在肾盂内积聚，尿液中的结晶物质难以排出，逐渐形成结石。尿路梗阻还会引起感染，感染又会进一步促进结石的形成，形成恶性循环。
尿路感染：细菌、感染产物及坏死组织等可作为结石的核心，促使结石形成。例如，变形杆菌等能分解尿素产生氨，使尿液碱化，促使磷酸镁铵及磷酸钙沉积形成结石。女性由于尿道短，更容易发生尿路感染，从而增加了结石形成的风险。
三、其他因素
年龄与性别：结石在不同年龄和性别中发生情况有所不同。一般来说，男性患结石的概率高于女性。在年龄方面，成年人相对儿童更容易患结石，随着年龄增长，肾脏的结构和功能会发生一些变化，尿液的成分等也可能出现改变，增加了结石形成的可能性。
生活方式：饮水过少会使尿液浓缩，导致尿液中晶体物质浓度升高，容易形成结石。长期饮水不足的人，如一些从事高温作业或运动量较大但补水不及时的人，患结石的风险较高。此外，饮食结构不合理也与结石形成有关，如高钙、高草酸、高嘌呤饮食等。长期摄入高钙食物可能增加尿钙排泄，高草酸食物如菠菜等摄入过多会导致尿草酸增多，高嘌呤食物如动物内脏等会使尿酸生成增加，这些都不利于尿液中成分的平衡，容易引发结石。
病史：有其他基础疾病的患者更容易出现结石。例如，有甲状旁腺功能亢进病史的患者，由于甲状旁腺激素异常，导致钙代谢紊乱，容易形成钙结石；有泌尿系统先天畸形的患者，如肾盂输尿管连接部狭窄等，尿液引流不畅，增加了结石形成的几率。
