高强度间歇训练存在肌肉骨骼系统损伤风险增加、心血管系统负担过重、免疫系统功能短期抑制、运动疲劳与恢复困难等问题，其中肌肉骨骼系统损伤风险增加表现为长期进行易致相关疾病且不同年龄人群受影响不同，心血管系统负担过重是因心脏短时间负荷大长期可能有不良影响及不同人群有差异，免疫系统功能短期抑制是会致免疫细胞活性下降等且不同人群受影响不同，运动疲劳与恢复困难是因易积累疲劳物质且不同人群恢复情况有别。
高强度间歇训练中包含大量高强度的运动动作，如快速奔跑、高强度的力量爆发等，会对肌肉、骨骼和关节产生较大的压力。研究表明，长期进行高强度间歇训练的人群，患肌肉拉伤、肌腱炎等肌肉骨骼系统疾病的风险显著升高。例如，频繁的快速屈伸膝关节动作，会使膝关节周围的肌腱、韧带承受反复的牵拉应力，容易引发肌腱炎等问题。对于不同年龄的人群，青少年正处于骨骼发育阶段，高强度间歇训练可能影响骨骼的正常生长发育；而中老年人本身关节软骨有一定程度的退变，高强度训练会加速关节软骨的磨损。
心血管系统负担过重
高强度间歇训练时，心脏需要在短时间内承受极大的负荷，心率会迅速升高到很高的水平。长期如此可能对心血管系统造成不良影响，增加心肌损伤的风险。有研究发现，过度的高强度间歇训练可能导致心肌细胞的微小损伤，长期积累可能影响心脏的正常功能。在性别方面，女性由于生理结构和身体机能与男性不同，可能对高强度运动引起的心血管系统负担更为敏感。例如，女性在高强度运动时，心率上升幅度可能相对更大，且恢复时间可能更长，长期下来心血管系统受损的风险可能相对较高。对于有基础心血管疾病病史的人群，高强度间歇训练是绝对禁忌的，因为这可能会诱发心绞痛、心肌梗死等严重心血管事件。
免疫系统功能短期抑制
高强度间歇训练会引起身体的应激反应，短时间内可能导致免疫系统功能出现短期抑制。研究显示，在高强度运动后的一段时间内，人体的免疫细胞活性会下降，机体的抗感染能力会有所降低。这种情况对于生活方式不健康、本身免疫力就相对较低的人群影响更为明显。比如，经常熬夜、饮食不规律的人，再进行高强度间歇训练，免疫系统功能抑制可能会加重，更容易受到病毒、细菌等病原体的侵袭而生病。青少年处于生长发育阶段，免疫系统还不够完善，高强度训练后免疫系统抑制可能影响身体的正常防御功能。
运动疲劳与恢复困难
高强度间歇训练会使身体迅速积累大量的疲劳物质，如乳酸等。由于训练强度过高，身体的恢复机制可能无法及时将这些疲劳物质清除，导致运动疲劳难以恢复。长期处于这种状态，会影响运动表现，还可能引发慢性疲劳综合征等问题。对于不同生活方式的人群，那些平时缺乏运动突然进行高强度间歇训练的人，恢复会更加困难。年龄较大的人群身体恢复能力相对较弱，高强度训练后恢复时间会更长，更容易陷入疲劳难以缓解的状态。
