慢性疲劳综合症症状多样，从多方面体现，疲劳相关有持续性疲劳且活动后加重；神经系统相关有记忆力和注意力减退、头痛；身体其他系统相关有睡眠障碍、肌肉骨骼疼痛。
疲劳相关症状
持续性疲劳：患者会感到极度的、持续性的疲劳，这种疲劳并非通过休息能有效缓解。即使经过长时间的睡眠或充足的休息后，疲劳感仍不会明显减轻，且会影响日常生活和工作，例如患者可能无法像往常一样完成日常的家务劳动或工作任务，简单的活动都会让其感到力不从心。这种疲劳感在不同年龄、性别的人群中都可能出现，年龄较小的儿童可能表现为活动耐力下降，原本能参与的游戏或运动现在很快就会感到疲惫；女性患者可能在月经周期等特殊时期疲劳感会有一定变化，但总体仍持续存在。对于有既往病史的患者，疲劳可能会加重原有病情的恢复难度。
活动后疲劳加重：患者进行轻微活动后，疲劳感会显著加重。比如轻度的体力活动，像短距离的行走，健康人可能不会有明显不适，但慢性疲劳综合症患者会在行走后很快出现疲劳加剧的情况，表现为乏力、气喘等症状比活动前明显加重。
神经系统相关症状
记忆力和注意力减退：患者常常出现记忆力下降的情况，表现为难以记住近期发生的事情、重要的工作内容等。同时注意力也难以集中，例如在开会时，不能像正常人一样持续专注于会议内容，容易分心。这种情况在不同生活方式的人群中都可能存在影响，对于生活方式较规律但患病的人，会影响其工作效率；对于学生群体，会影响学习效果。年龄较小的儿童可能表现为学习时注意力不集中，成绩受到影响；女性患者可能在处理家庭事务时出现记忆力和注意力方面的问题。有病史的患者可能因为病情影响神经系统功能而使记忆力和注意力减退情况更突出。
头痛：部分患者会出现头痛症状，头痛的形式多样，可能是偏头痛样疼痛，也可能是紧张性头痛等。不同年龄的患者头痛表现可能有差异，儿童患者头痛可能表述不太准确，但会表现出烦躁、哭闹等与头痛相关的情绪或行为变化；成年女性患者在月经前后等特殊时期头痛可能会加重。生活方式不健康，如长期熬夜、缺乏运动的患者可能更容易出现头痛症状，有既往头痛病史的患者在患上慢性疲劳综合症后头痛可能会频繁发作或加重。
身体其他系统相关症状
睡眠障碍：患者常伴有睡眠障碍，可能表现为入睡困难、睡眠浅、易惊醒等。不同年龄的人群睡眠障碍的表现有所不同，儿童患者可能出现夜间睡眠不安稳，频繁翻动等情况；成年男性患者可能因为工作压力等因素影响，在患上慢性疲劳综合症后睡眠障碍问题更加突出。生活方式中作息不规律的患者睡眠障碍往往更严重，有睡眠病史的患者在慢性疲劳综合症影响下睡眠障碍会进一步恶化。
肌肉骨骼疼痛：很多患者会出现肌肉骨骼疼痛，疼痛可发生在全身多个部位，如颈部、肩部、腰部等。年龄较大的患者可能本身就有关节或肌肉的退行性变，在患上慢性疲劳综合症后肌肉骨骼疼痛会更明显；女性患者在孕期或更年期等特殊生理时期，肌肉骨骼疼痛可能会因慢性疲劳综合症而加重。生活方式中从事重体力劳动或长期保持不良姿势的患者，肌肉骨骼疼痛可能更为显著，有肌肉骨骼疾病既往史的患者患上慢性疲劳综合症后疼痛会加剧。
