川崎病并非明确的遗传性疾病，但遗传因素可能增加患病风险，家族聚集性现象提示遗传易感性参与发病，具体机制需通过分子遗传学研究进一步验证。
家族遗传倾向方面，川崎病患者一级亲属（父母、兄弟姐妹）患病风险约为普通人群的2-4倍，存在一定家族聚集性，但这种聚集并非完全由遗传决定，可能与共同生活环境（如感染、饮食等）叠加遗传易感性有关。临床观察显示，约10%川崎病病例存在明确家族史，提示遗传因素在部分病例中起作用，但并非主要致病原因。
特定基因关联研究发现，人类白细胞抗原（HLA）系统中HLA-B51等位基因在川崎病患者中频率较高，尤其在冠状动脉病变风险较高的病例中，但该基因与疾病的关联性存在种族差异，亚裔人群中相关性更显著，且与疾病严重程度的关系尚未明确。此外，TNF-α、IL-1等细胞因子相关基因的多态性可能影响免疫反应失衡，参与血管炎症过程，但需更多研究验证其具体作用。
遗传模式呈现复杂性，川崎病无明确单基因遗传模式（如常染色体显性/隐性、X连锁），更可能涉及多个微效基因的累积效应与环境因素的交互作用。目前尚未发现可单独导致发病的基因突变，提示遗传背景需与环境触发因素共同作用才会引发疾病，例如病毒或细菌感染可能作为“触发因子”，在有遗传易感性的个体中诱发免疫紊乱。
遗传与环境的交互作用是发病关键。遗传易感性个体在接触特定病原体（如腺病毒、链球菌等）或环境因素（如空气污染、营养不良）后，可能激活异常免疫反应，导致全身血管炎症。同卵双胞胎患病一致率（约10%-20%）显著高于异卵双胞胎（<5%），提示遗传因素存在但不足以单独致病，环境暴露在发病中占重要地位。对有家族史的儿童，家长需注意避免其接触潜在感染源，关注发热、皮疹、黏膜充血等早期症状，及时就医排查。
