咖啡灌肠可致肠道黏膜损伤、引发菌群失调及营养吸收障碍，而其所谓好处无科学研究证实，人体自身有完善代谢排毒系统不依赖咖啡灌肠来实现排毒等功能。
一、咖啡灌肠的害处
1.肠道黏膜损伤：咖啡中含有的成分可能对肠道黏膜产生刺激，长期或不当进行咖啡灌肠操作，可能破坏肠道黏膜的完整性，引发肠道炎症等问题，影响肠道正常的屏障功能。例如，有研究指出频繁的咖啡灌肠可能导致肠道黏膜充血、水肿，进而影响肠道对营养物质的正常吸收和代谢。
2.肠道菌群失调：正常肠道内存在着复杂且相对稳定的菌群平衡，咖啡灌肠可能扰乱这种平衡，破坏有益菌的生存环境，导致有害菌过度繁殖，从而引发一系列肠道功能紊乱问题，如腹泻、便秘等症状交替出现，影响肠道的正常消化和排泄功能。
3.营养吸收障碍：肠道黏膜受损及菌群失调会影响营养物质的吸收过程，例如维生素、矿物质等的吸收可能受到阻碍，长期下去可能导致机体出现营养不良的状况，影响身体健康，尤其是对于本身存在营养摄入不足风险的人群，如老年人、特殊疾病患者等，这种影响可能更为显著。
二、咖啡灌肠的所谓“好处”无科学依据
目前并没有经过严谨科学研究证实咖啡灌肠具有明确的健康益处。一些声称的“排毒”等说法缺乏循证医学证据支持。现有医学观点认为，人体自身具备完善的代谢和排毒系统，如肝脏、肾脏等器官能够有效完成体内毒素的代谢与排泄，并不依赖于咖啡灌肠这种操作来实现所谓的“排毒”功能。因此，不能将没有科学验证的内容当作咖啡灌肠的实际好处来宣扬。
