长期过量服用赖氨酸可引发胃肠道不适如恶心呕吐腹痛等，还会因与其他氨基酸竞争转运机制打破氨基酸代谢平衡，竞争性抑制其他必需氨基酸吸收代谢，对肾功能不全者会增加肾脏排泄负担致蓄积加重损伤，对儿童群体因代谢未熟易打破代谢平衡应优先通过合理均衡饮食获取而非随意长期过量补充。
一、胃肠道相关副作用
长期过量服用赖氨酸可能引发胃肠道不适症状，如恶心、呕吐、腹痛等。这是由于赖氨酸摄入超出机体正常代谢负荷后，会对胃肠道黏膜等产生刺激，干扰胃肠道的正常消化吸收功能。例如，有研究表明，当赖氨酸摄入量超过机体合理需求时，会改变胃肠道内环境的酸碱平衡及消化酶的作用环境，进而导致上述胃肠道不适表现。
二、氨基酸代谢平衡干扰
赖氨酸与其他氨基酸在体内存在竞争转运机制，长期大量服用赖氨酸会打破氨基酸代谢平衡。例如，过量的赖氨酸可能竞争性抑制其他必需氨基酸（如精氨酸、亮氨酸等）的吸收与代谢，影响机体正常的蛋白质合成等生理过程。因为氨基酸在体内的转运和代谢是相互关联的，一种氨基酸过量会干扰其他氨基酸的正常代谢途径，从而影响整体的氨基酸代谢稳态。
三、对特殊人群的影响
（一）肾功能不全者
肾功能不全患者的肾脏对氨基酸的代谢及排泄功能下降，长期服用赖氨酸会增加肾脏的排泄负担。由于赖氨酸需要通过肾脏进行代谢和部分排泄，肾功能不全时机体清除赖氨酸的能力减弱，过量的赖氨酸在体内蓄积，可能进一步加重肾脏的损伤，影响肾脏的正常生理功能。
（二）儿童群体
低龄儿童的代谢系统尚未完全发育成熟，长期服用赖氨酸易打破其体内正常的氨基酸代谢平衡。儿童正处于生长发育阶段，机体对各种营养物质包括氨基酸的需求及代谢调节具有特殊性，过量补充赖氨酸可能干扰儿童自身正常的氨基酸代谢调控机制，不利于其生长发育过程中氨基酸代谢的动态平衡维持，因此应优先通过合理均衡的饮食获取赖氨酸，而非随意长期过量补充。
