玛卡可能致部分人出现胃肠道不适如恶心腹胀腹泻，含类似植物雌激素成分可干扰内分泌系统对激素敏感性疾病人群不利，部分人服后有头晕嗜睡等神经系统反应，孕妇及哺乳期女性、有激素相关疾病及胃肠道疾病人群需特别注意，过量服用可引发代谢紊乱、心悸血压波动及对肝肾功能造成负担。
一、消化系统相关副作用
玛卡可能对胃肠道产生刺激，部分人群服用后可出现恶心、腹胀、腹泻等胃肠道不适症状。这是由于玛卡中的某些化学成分可能作用于胃肠道黏膜，干扰正常的消化功能，尤其本身存在胃肠道基础疾病（如胃炎、胃溃疡等）的人群，服用后胃肠道不适症状可能加重。
二、内分泌系统相关影响
玛卡含有类似植物雌激素的成分，可能对人体内分泌系统产生干扰。对于患有激素敏感性疾病的人群，如甲状腺功能亢进患者（甲状腺疾病与激素水平密切相关）、激素依赖性肿瘤患者（如乳腺癌、前列腺癌等），玛卡中的相关成分可能模拟激素作用，影响疾病的控制，甚至可能促进病情发展。
三、神经系统相关反应
部分人服用玛卡后可能出现头晕、嗜睡等神经系统症状。这是因为玛卡中的某些活性物质作用于中枢神经系统，影响神经递质的平衡，进而导致上述不适表现。
四、特殊人群需特别注意的副作用
（一）孕妇及哺乳期女性
由于玛卡成分对胎儿和婴儿的影响尚不明确，为避免可能存在的未知风险，孕妇及哺乳期女性应避免服用玛卡，以防对母婴健康产生不良影响。
（二）有激素相关疾病人群
如前所述，患有甲状腺疾病、激素敏感性肿瘤等与激素水平密切相关疾病的人群，服用玛卡可能干扰体内激素平衡，加重原有病情，此类人群需严格避免使用玛卡。
（三）胃肠道疾病患者
本身存在胃炎、胃溃疡等胃肠道疾病的人群，玛卡可能进一步刺激胃肠道黏膜，导致原有消化不良、腹痛等症状加重，这类人群服用玛卡需谨慎评估风险。
五、过量服用的潜在风险
过量服用玛卡可能引发身体代谢紊乱，出现心悸、血压波动等情况。这是因为过量的玛卡成分超出身体正常代谢负荷，影响心血管系统的正常功能，长期过量服用还可能对肝、肾等重要脏器造成负担，影响其正常代谢和排毒功能。
