玛卡可能存在对内分泌系统干扰致女性月经紊乱、男性雄激素水平受影响，部分人服用后有消化系统不适如胃部不适，少数人有神经系统症状如头痛头晕，孕妇哺乳期女性、儿童不建议服用玛卡，有基础疾病人群如甲状腺疾病、糖尿病患者服用前应咨询医生意见。
对内分泌系统的影响
玛卡中含有类似激素的成分，可能会干扰内分泌系统。对于女性而言，可能影响月经周期，导致月经紊乱，这是因为其含有的植物化学物质可能会影响雌激素和孕激素的平衡。有研究表明，长期大量服用玛卡的女性，出现月经周期改变的概率相对较高。对于男性，可能影响雄激素水平，虽然相关研究还在不断深入，但已有一些证据显示其可能对男性内分泌产生一定干扰，进而影响生殖相关的激素平衡。
对消化系统的影响
部分人服用玛卡后可能出现消化系统不适症状，如胃部不适，包括胃痛、胃胀等。这可能是因为玛卡中的某些成分对胃黏膜有一定刺激作用。例如，有研究观察到，在服用玛卡的人群中，约有一定比例的人出现不同程度的胃部不适反应，尤其是本身有胃部基础疾病的人群，如胃炎患者，服用后可能会加重原有的胃部不适症状。
对神经系统的影响
少数人服用玛卡后可能出现神经系统方面的症状，如头痛。这可能与玛卡对神经系统的刺激有关。不同个体对玛卡的反应存在差异，一些人可能对玛卡中的活性成分较为敏感，从而引发头痛等不适。另外，也有报道称个别人可能出现头晕的情况，这可能是由于玛卡影响了脑部的血液循环或神经传导等机制。
特殊人群需特别注意
孕妇和哺乳期女性：目前关于玛卡对孕妇和哺乳期女性及胎儿、婴儿的影响尚不明确，为了安全起见，孕妇和哺乳期女性不建议服用玛卡。因为其含有的未知成分可能会通过胎盘或乳汁传递给胎儿或婴儿，对其生长发育可能产生潜在的未知风险。
儿童：儿童的身体机能尚未发育完全成熟，玛卡中的成分对儿童的影响缺乏足够的研究数据支持，为避免可能出现的不良影响，不建议儿童服用玛卡。
有基础疾病的人群：如患有甲状腺疾病的人群，玛卡可能会影响甲状腺激素的水平，进而影响病情控制；患有糖尿病的人群，玛卡对血糖的影响尚不明确，可能会干扰血糖的稳定控制，这类人群在考虑服用玛卡前应咨询医生的意见。
