小儿百日咳分为前驱期、痉咳期和恢复期。前驱期类似普通感冒，持续1-2周；痉咳期有阵发性痉挛性咳嗽、鸡鸣样回声及眼睑水肿等其他表现，持续2-6周或更长；恢复期阵发性痉挛性咳嗽等逐渐减轻，持续2-3周，恢复期仍需注意避免外界刺激。
痉咳期
阵发性痉挛性咳嗽：此期是百日咳的特征性阶段，持续2-6周或更长。小儿会出现突发的一连串急促的咳嗽，可达十几声甚至数十声，直至咳出黏稠痰液或呕吐后才稍缓解。咳嗽剧烈时，小儿可能会面红耳赤、涕泪交流、舌伸口外、表情痛苦，年龄较小的婴儿可能表现为屏气、发绀等，因为婴儿的呼吸功能相对较弱，剧烈咳嗽可能影响其呼吸循环。
鸡鸣样回声：在痉咳终末，小儿会出现一种高调的吸气声，类似鸡鸣样，这是由于剧烈咳嗽导致胸腔内压力骤减，空气急速吸入气道产生的声音。
其他表现：小儿在痉咳期可能伴有眼睑水肿、球结膜下出血（由于剧烈咳嗽导致头面部静脉压力增高）、舌系带溃疡等表现，年龄小的婴儿还可能出现呼吸暂停等情况，因为婴儿的心肺功能发育尚不完善，剧烈咳嗽带来的影响相对更明显。
恢复期
阵发性痉挛性咳嗽逐渐减轻、次数减少，鸡鸣样回声消失，此期持续2-3周。小儿一般状态逐渐好转，食欲开始恢复，但在受到烟尘刺激、运动等因素影响时，仍可能偶尔出现轻微咳嗽，年龄较小的婴儿在恢复期也需要注意避免接触刺激性因素，因为其呼吸道黏膜修复需要一定时间，身体抵抗力相对较弱，容易因外界刺激再次引发咳嗽加重。
