肛瘘是肛管或直肠与肛周皮肤相通的肉芽肿性管道，其症状包括流脓（外口间断或持续流出少量脓性、血性、黏液性分泌物，新瘘管形成时脓液增多）、肿痛（瘘管感染或脓液排出不畅时疼痛，内瘘时直肠下部和肛门部灼热不适、排便时疼痛加重）、瘙痒（分泌物刺激致肛周瘙痒、皮肤湿疹样变）、全身症状（反复发作成复杂性肛瘘时可出现消瘦、贫血、便秘、排便困难等，小儿长期患病影响生长发育，高位复杂性肛瘘症状复杂，女性肛瘘症状符合一般规律，糖尿病患者肛瘘恢复受影响、症状难控制）。
流脓：是常见症状，肛瘘外口会间断或持续流出少量脓性、血性、黏液性分泌物。分泌物的多少因瘘管的长短、粗细而不同。新生成的肛瘘流脓较多，脓稠，味臭，色黄；时间较久的瘘管流脓较少，或时有时无，呈白色，质稀淡；若脓液突然增多，则表示有新瘘管形成。小儿肛瘘患者由于瘘管相对较短，排出的脓液可能相对容易观察到。
肿痛：一般无明显疼痛，当瘘管感染或脓液排出不畅而肿胀发炎时，可引起疼痛。内瘘时常感到直肠下部和肛门部灼热不适，排便时疼痛加重。在小儿中，由于其表达能力有限，可能会表现出躁动不安等异常表现。
瘙痒：因分泌物不断刺激肛周皮肤，患者常觉肛周瘙痒，皮肤可出现湿疹样改变。小儿肛瘘患者肛周皮肤瘙痒可能会影响其睡眠和日常活动。
全身症状：一般肛瘘常无全身症状，但当肛瘘反复发作，形成复杂性肛瘘时，可出现消瘦、贫血、便秘、排便困难等全身症状。小儿长期患有肛瘘可能会影响其生长发育，因为身体处于慢性消耗状态。
此外，肛瘘还有一些特殊情况，如高位复杂性肛瘘可能有多个外口和瘘管，管道走行复杂，症状相对更复杂；对于女性肛瘘患者，由于解剖结构与男性不同，肛瘘的位置和症状可能会有一些特点，但总体症状表现仍符合上述一般规律；而有基础疾病的患者，如糖尿病患者，肛瘘的恢复可能会受到影响，因为高血糖环境不利于伤口愈合，其肛瘘相关症状可能会更难控制。
