肛瘘有流脓、肿痛、瘙痒及全身症状等表现，流脓是常见症状且分泌物刺激可致肛周皮肤问题，肿痛在肛瘘外口封闭、脓液积聚时出现，瘙痒因分泌物刺激肛周皮肤，无急性炎症时全身症状不明显，反复发作成慢性感染或急性感染时会有相应全身症状，不同人群表现有差异。
是肛瘘最常见的症状之一。肛瘘外口会间断性或持续性流出少量脓性、血性、黏液性分泌物。分泌物的多少与肛瘘的类型、病程长短等有关。一般来说，新形成的肛瘘流脓较多，分泌物刺激肛周皮肤可引起瘙痒不适。对于儿童患者，由于其皮肤较为娇嫩，分泌物刺激可能导致肛周皮肤湿疹样改变，出现红斑、丘疹、瘙痒等症状，且儿童可能因瘙痒而不自觉搔抓，加重局部炎症反应。
肿痛
当肛瘘外口暂时封闭，瘘管内脓液积聚时，可出现局部肿痛。疼痛程度不一，可为胀痛、跳痛等。若脓液引流不畅，炎症加重，疼痛可较为剧烈。在急性感染期，患者局部红肿明显，伴有压痛。对于女性患者，由于会阴部解剖结构的特殊性，肛瘘发作时肿痛可能会对日常生活和工作产生较大影响，如行走、坐立等都会受到限制；而老年患者身体机能下降，对疼痛的耐受性相对较差，肿痛症状可能会让其感觉更为明显，且恢复相对较慢。
瘙痒
由于肛瘘外口流出的分泌物刺激肛周皮肤，患者常感肛周瘙痒。皮肤可因搔抓而出现抓痕、破溃等改变。长期的瘙痒会影响患者的生活质量，尤其是儿童患者，可能因瘙痒而影响睡眠和学习，同时搔抓可能导致皮肤感染进一步加重。
全身症状
一般肛瘘若无急性炎症发作，全身症状不明显。但当肛瘘反复发作，形成慢性感染时，可出现消瘦、贫血、乏力等全身症状。对于儿童患者，长期的肛瘘慢性感染可能会影响其生长发育，导致身高、体重增长缓慢等情况；老年患者本身身体储备功能下降，出现全身症状时可能提示病情较为严重，需要更积极的治疗干预。此外，若肛瘘发生急性感染，可出现发热等全身症状，体温可升高至38℃-39℃甚至更高，此时患者会感觉全身不适，精神状态较差。
