肛瘘主要由肛周脓肿发展而来，其形成与感染因素（包括肛隐窝感染、其他感染扩散，不同年龄段人群因自身特点感染风险有差异）、腺源性感染学说（不同年龄段因肛腺发育或功能情况致该学说引发肛瘘的比例不同）、损伤因素（外伤、医源性损伤，不同年龄段患者因自身情况损伤导致肛瘘的风险及后果不同）相关。
一、感染因素
1.肛隐窝感染：肛隐窝是直肠黏膜形成的小凹陷，容易积存粪便，细菌易侵入并引发炎症。如果肛隐窝感染未能及时控制，炎症可向周围蔓延，累及肛管直肠周围组织。儿童肛隐窝相对较浅，但如果存在腹泻等情况导致肛隐窝容易受刺激，也可能引发感染进而形成肛瘘；成年人长期不良排便习惯，如久坐、便秘、腹泻等，会增加肛隐窝感染的风险。女性和男性在这方面的风险差异不大，但女性特殊的生理结构可能在一定程度上影响局部卫生情况，不过根本原因还是感染的蔓延。
2.其他感染扩散：如肛周皮肤感染、直肠炎、结肠炎等，炎症可通过淋巴系统或直接蔓延波及肛管直肠周围组织，进而形成肛瘘。患有糖尿病等基础疾病的人群，由于机体抵抗力下降，更容易发生感染且感染不易控制，也就更易引发肛瘘；老年人机体功能衰退，免疫功能相对较弱，也较容易因感染因素导致肛瘘形成。
二、腺源性感染学说
肛管直肠周围存在很多肛腺，这些肛腺与肛隐窝相通，肛腺的导管细长且容易阻塞，当肛隐窝发生感染时，炎症可经肛腺导管侵入肛腺，然后蔓延至肛管直肠周围间隙，引起脓肿，脓肿破溃后形成肛瘘。儿童肛腺发育相对较活跃，所以儿童肛瘘中因腺源性感染的比例可能相对较高；而老年人肛腺功能逐渐减退，腺源性感染导致肛瘘的情况相对较少，但也不能完全排除。
三、损伤因素
1.外伤：肛周受外伤，如异物刺伤、肛门直肠手术操作不当等，可导致细菌侵入组织引发感染，进而形成肛瘘。对于接受过肛门直肠手术的患者，术后如果护理不当，发生感染的风险增加，就可能形成肛瘘；儿童如果有肛周外伤，由于自身免疫力相对较低，感染后更易发展为肛瘘。
2.医源性损伤：在一些肛门直肠相关的医疗操作中，如结肠镜检查时可能导致肠黏膜损伤，若损伤后处理不当引发感染，也可能形成肛瘘。对于不同年龄段的患者，医源性损伤导致肛瘘的风险程度不同，儿童由于配合度等问题，医源性损伤相对较少，但一旦发生后果可能更需重视；成年人在医疗操作中如果医护人员操作不规范，也可能导致医源性肛瘘的发生。
