肛瘘有多种症状，瘘外口会间断或持续流少量脓性、血性、黏液性分泌物；外口堵塞或引流不畅时局部有隐痛或胀痛，急性感染期疼痛加重；分泌物刺激致肛周瘙痒，搔抓可致皮肤破损等；单纯性肛瘘一般无全身症状，复杂性肛瘘及急性感染时可有发热、寒战、乏力等全身症状，且不同人群因自身特点症状表现有差异。
是肛瘘最常见的症状之一。外口会间断性或持续性地流出少量脓性、血性、黏液性分泌物。分泌物的量会因肛瘘的类型、病程等因素而有所不同。例如，单纯性低位肛瘘外口流出的分泌物相对较少，而复杂性肛瘘外口流出的分泌物往往较多，且可能伴有臭味。青少年由于身体代谢相对旺盛，可能分泌物排出相对更频繁一些；成年人若有不良生活方式，如长期饮酒、进食辛辣刺激食物等，也可能导致分泌物增多。对于有基础病史如糖尿病的患者，由于机体抵抗力相对较低，肛瘘外口流脓的情况可能更易反复且较难控制。
肿痛
当肛瘘外口堵塞或引流不畅时，可出现局部肿痛。一般为隐痛或胀痛，在急性感染期疼痛会明显加重，呈跳痛。疼痛程度和发作频率因个体差异以及肛瘘的炎症状态而异。比如，儿童由于表达能力相对有限，可能更多表现为哭闹不安等异常行为来提示局部肿痛；女性在生理期前后，由于身体抵抗力可能略有下降，肛瘘的肿痛症状可能会相对更明显；长期久坐、久站等不良生活方式的人群，肛瘘肿痛的发作可能更频繁。有肛周脓肿病史的患者，肛瘘再次出现肿痛的风险相对更高。
瘙痒
由于肛瘘外口流出的分泌物刺激肛周皮肤，会引起肛周瘙痒不适，患者常忍不住搔抓，可能导致肛周皮肤破损、湿疹等。不同年龄段人群对瘙痒的耐受和反应不同，儿童皮肤娇嫩，搔抓后更易引起皮肤损伤和感染；老年人皮肤相对干燥，瘙痒可能会更影响生活质量。女性如果同时有妇科炎症等情况，肛周瘙痒可能会与之相互影响，加重不适。有过敏体质的人群，肛周瘙痒可能更易发生且程度可能更重。
全身症状
一般单纯性肛瘘不会引起全身症状，但复杂性肛瘘、肛瘘急性感染时可出现发热、寒战、乏力等全身症状。对于免疫力较低的人群，如老年人、儿童以及患有免疫缺陷疾病的患者，全身症状可能会更明显且恢复相对较慢。例如，儿童免疫系统尚未完全发育成熟，发生肛瘘急性感染出现全身症状时，病情变化可能相对较快，需要更密切的观察和及时处理；老年人各器官功能减退，免疫力下降，全身症状可能持续时间较长，恢复过程中需要更精心的护理。
