肝囊肿的形成有先天性和后天性因素。先天性因素是胚胎发育时肝胆系统组织分化异常致潴留性肝囊肿；后天性因素包括创伤因素（外伤或医源性创伤致肝内结构受损胆汁潴留）、炎症因素（胆管炎症或周围组织炎症波及致胆管狭窄胆汁潴留）、寄生虫因素（肝包虫病由细粒棘球绦虫幼虫寄生引起，牧区人群易感染）。
一、先天性因素
（一）胚胎发育异常
在胚胎发育时期，肝胆系统的一些组织分化过程出现异常，就可能导致肝囊肿的形成。例如，肝内胆管和淋巴管在胚胎发育时如果发生异常的局部增生、扩张等情况，就可能逐渐形成潴留性的肝囊肿。这种先天性因素导致的肝囊肿在儿童和青少年中也可能出现，不同性别在先天性肝囊肿的发生上并没有明显的差异，主要是胚胎发育过程中的偶然异常事件导致。
二、后天性因素
（一）创伤因素
1.外伤后：肝脏受到外力撞击等创伤时，可能导致肝脏内部的小胆管等结构受损，胆汁等液体潴留形成囊肿。如果是生活中意外受伤或者运动损伤等导致的肝脏创伤，都可能引发这种情况。对于有外伤史的人群，尤其是有肝脏外伤的患者，需要密切关注肝脏情况，因为可能后续出现肝囊肿。
2.医源性创伤：在一些肝脏相关的手术操作过程中，比如肝部分切除术等，如果对胆管等结构处理不当，也可能引起局部胆汁潴留形成囊肿。这种情况在有肝脏手术史的人群中需要考虑，不同性别在医源性创伤导致肝囊肿的风险上没有显著差异，但手术操作的精细程度等会影响发生概率。
（二）炎症因素
1.胆管炎症：肝脏内胆管发生炎症时，炎症可能导致胆管狭窄，胆汁排出不畅，进而使胆管扩张形成囊肿。例如，慢性胆管炎患者，如果病情没有得到有效控制，长期的炎症刺激可能引发肝囊肿。不同年龄阶段的人群都可能因为胆管炎症发展为肝囊肿，一般来说，有胆道炎症病史的人群风险相对较高，性别因素对其影响不大。
2.肝脏周围组织炎症波及：周围脏器的炎症，如胆囊炎等，炎症蔓延波及肝脏，也可能影响肝脏内胆管等结构，导致肝囊肿形成。比如患有慢性胆囊炎的患者，炎症长期存在可能逐渐影响到肝脏，增加肝囊肿的发生风险。年龄较大、本身有基础胆道系统炎症疾病的人群更需要注意这种情况。
（三）寄生虫因素
1.肝包虫病：由细粒棘球绦虫的幼虫寄生在肝脏引起。主要在畜牧地区高发，人群因接触受污染的环境等而感染。比如在牧区生活或工作的人群，接触到被虫卵污染的水源、食物等后，虫卵进入人体，在肝脏内发育成包虫囊肿。不同性别在肝包虫病导致的肝囊肿发生上没有明显差异，但生活在流行地区的人群需要特别注意，儿童如果接触了污染环境，感染风险也较高，因为儿童的免疫系统相对不完善，接触病原体后更易发病。
