性别认同障碍涉及生物学因素，遗传因素中某些基因变异可影响神经发育致性别认同与生物学性别偏差，神经生物学因素里大脑性别相关区域结构功能异常及性激素分泌或作用异常会影响性别认同；还涉及心理社会因素，家庭环境养育方式与孩子性别认同不匹配易致困惑，社会文化刻板印象规范致个体受压力歧视干扰性别认同正常形成。
一、生物学因素
（一）遗传因素
多项研究表明遗传因素在性别认同障碍的发生中可能发挥作用。例如，通过对家族遗传模式的分析发现，某些基因的变异可能影响个体的神经发育过程，进而干扰性别认同的正常形成。研究显示，染色体相关基因以及与神经递质调控相关的基因等的异常表达，可能会在胚胎发育阶段就对大脑的性别分化产生影响，使得个体的性别认同与生物学性别出现偏差。
（二）神经生物学因素
大脑的结构和功能差异与性别认同密切相关。神经影像学研究发现，性别认同障碍个体的大脑某些性别相关区域的结构和功能存在异常。例如，与性别感知、情感和认知相关的脑区，其发育过程可能出现偏离正常模式的情况。在胚胎发育时期，性激素对大脑的分化起着关键作用，若性激素分泌或作用出现异常，会干扰大脑性别相关区域的正常发育，从而影响个体的性别认同。
二、心理社会因素
（一）家庭环境与养育方式
早期的家庭环境和养育方式可能对性别认同产生影响。如果父母对孩子的性别角色期待与孩子自身的性别认同不一致，长期处于这种不匹配的环境中，可能会导致孩子产生性别认同困惑。例如，父母过度按照与孩子生物学性别不符的性别角色来培养孩子，会使孩子在性别认同方面陷入矛盾，增加出现性别认同障碍的风险。
（二）社会文化因素
社会文化对性别角色有着刻板的印象和规范。当个体的性别认同与社会文化所定义的性别角色不一致时，可能会面临来自社会的压力、歧视等。这种外部环境的压力会干扰个体正常的性别认同形成过程，使得个体在性别认同方面产生冲突，进而可能发展为性别认同障碍。例如，社会对传统性别角色的过度强调，会让那些性别认同偏离传统的个体感到不被接纳，从而影响其性别认同的正常发展。
