氯氮平有多种常见副作用，血液系统方面可致白细胞减少或粒细胞缺乏、血小板减少；代谢方面易引起体重增加、血糖升高；神经系统方面有嗜睡、锥体外系反应；心血管系统方面会导致体位性低血压；其他方面有流涎增多。
白细胞减少或粒细胞缺乏：氯氮平可能引起白细胞计数下降，严重时可导致粒细胞缺乏症。有研究表明，使用氯氮平治疗的患者中，约有1-2%会出现粒细胞缺乏的情况，这是较为严重的血液学副作用，可能增加感染的风险，因为白细胞是人体免疫系统抵御病原体的重要组成部分，白细胞减少会使患者更容易遭受细菌、病毒等病原体的侵袭，出现发热、咽痛等感染相关症状。在不同年龄人群中，老年人由于自身免疫功能相对较弱，使用氯氮平时发生白细胞减少的风险可能相对更高；而儿童使用氯氮平需格外谨慎，因为儿童的血液系统发育尚未完全成熟，更易受药物影响出现血液学异常。
血小板减少：部分患者使用氯氮平后可能出现血小板减少，血小板在凝血过程中起着关键作用，血小板减少会增加出血的倾向，如皮肤瘀点、瘀斑、鼻出血、牙龈出血等。对于有出血性疾病病史的患者，使用氯氮平需更加密切监测血小板情况，因为这类患者本身出血风险较高，药物导致的血小板减少可能会加重出血风险。
代谢方面
体重增加：氯氮平较易引起体重增加，研究发现，长期使用氯氮平的患者中，相当一部分会出现体重显著上升，体重增加可能导致患者患心血管疾病（如高血压、高血脂等）的风险增加。在生活方式方面，本身有肥胖倾向或有心血管疾病高危因素的患者，使用氯氮平时体重增加的问题需要更加关注，可能需要在用药过程中配合适当的饮食控制和运动来尽量减轻体重增加带来的不良影响。对于儿童患者，体重增加可能会影响其生长发育相关指标，需要密切监测并采取合理措施应对。
血糖升高：氯氮平可能引起血糖升高，甚至导致糖尿病。有数据显示，使用氯氮平的患者中糖尿病的发生率较一般人群有所升高。对于本身有糖尿病家族史、肥胖或有代谢综合征的患者，使用氯氮平前和用药过程中需要定期监测血糖水平，因为这类患者本身血糖调节可能存在一定问题，药物更容易引发血糖异常。
神经系统方面
嗜睡：很多患者使用氯氮平后会出现不同程度的嗜睡症状，这可能会影响患者的日常生活和工作能力，比如驾驶、操作机械等活动会受到明显影响。在年龄方面，老年人本身活动能力相对受限，嗜睡可能会增加跌倒等意外发生的风险；儿童患者如果出现嗜睡，需要特别注意其日常活动的安全监护，避免因嗜睡导致受伤等情况。
锥体外系反应：相对其他抗精神病药物，氯氮平引起锥体外系反应的发生率相对较低，但仍有部分患者会出现，如震颤、肌张力增高、运动迟缓等。不过一般程度相对较轻，但对于有神经系统基础疾病的患者，如帕金森病患者，使用氯氮平需要更加谨慎，因为可能会加重锥体外系相关症状。
心血管系统方面
体位性低血压：氯氮平可能导致体位性低血压，表现为从卧位或坐位突然站立时血压明显下降，出现头晕、眼花甚至晕厥等症状。老年人由于本身血管调节功能相对较差，发生体位性低血压的风险更高，在起床、站立等体位变化时需要格外缓慢，以减少低血压带来的不良后果。对于有心血管疾病病史，尤其是高血压患者在使用降压药物的同时使用氯氮平，需要密切监测血压变化，因为两种药物可能相互作用导致血压波动更大。
其他方面
流涎：部分患者使用氯氮平后会出现流涎增多的情况，这可能会给患者带来不适，如口腔卫生问题等，需要注意口腔清洁护理。对于儿童患者，流涎增多可能会影响其进食和口腔周围皮肤的健康，需要加强护理。
