新生儿腹泻时，可在医生指导下选用含双歧杆菌、乳杆菌或布拉氏酵母菌的益生菌制剂辅助调节肠道菌群，具体选择需结合腹泻原因和新生儿个体情况。
感染性腹泻时的益生菌选择：感染性腹泻（如病毒或细菌感染）中，益生菌可辅助缩短病程、减少脱水等并发症，推荐含双歧杆菌、乳杆菌的益生菌制剂，如双歧杆菌三联活菌散，需遵医嘱使用。
非感染性腹泻时的益生菌选择：生理性腹泻（多见于母乳喂养新生儿，无其他异常）或乳糖不耐受相关腹泻，可尝试含布拉氏酵母菌的益生菌调节肠道环境，同时建议配合母乳成分调整或乳糖酶使用，需观察腹泻改善情况。
抗生素相关性腹泻的益生菌使用：新生儿因感染需使用抗生素时，或停药后出现腹泻，补充益生菌可降低菌群失调风险，推荐布拉氏酵母菌散或双歧杆菌制剂，需在抗生素使用期间或停药后及时遵医嘱补充。
特殊新生儿群体的益生菌使用：早产儿、极低体重儿或有免疫缺陷、严重过敏史的新生儿，益生菌使用需医生评估，优先考虑母乳低聚糖或短链脂肪酸调节肠道，避免自行使用；若必须使用，需选择经过临床验证的单一菌株制剂，且密切监测反应。
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