功能性胃肠病的原因涉及多因素，包括脑肠轴功能异常、内脏高敏感性、肠道菌群失调、心理社会因素及饮食生活方式等。
脑肠轴调控异常
脑肠轴是中枢神经系统与肠道的双向沟通系统，焦虑、抑郁等情绪障碍可通过神经-内分泌-免疫途径影响胃肠动力与感觉，导致功能性胃肠病。
内脏高敏感性
肠道感觉神经对正常刺激（如气体、食物）过度敏感，产生疼痛或不适，常见于肠易激综合征患者，与肠道黏膜屏障功能异常及神经递质失衡相关。
肠道菌群失调
肠道菌群结构紊乱（如乳酸杆菌减少、大肠杆菌增多）影响短链脂肪酸生成，削弱肠道屏障，诱发胃肠功能紊乱，尤其与饮食结构改变密切相关。
心理社会因素
长期压力、创伤或不良生活事件可通过中枢神经系统过度激活胃肠感觉通路，导致功能性消化不良或肠易激综合征，女性因激素波动更易受情绪影响。
饮食与生活方式
高纤维、产气食物（如豆类、乳制品）摄入过多，或规律进餐、缺乏运动、吸烟、酗酒等不良习惯，会破坏肠道微生态平衡，加重症状。
特殊人群注意事项
儿童需避免低龄使用成人药物，优先通过饮食调整（如减少零食、规律进餐）改善；孕妇因激素变化易出现胃肠不适，建议少食多餐，避免刺激性食物；老年人消化功能退化，需重视益生菌补充与适度运动结合。
