新生儿腹泻主要由感染性因素（病毒、细菌、寄生虫感染）和非感染性因素（喂养不当、过敏、肠道功能紊乱等）引起，新生儿肠道菌群尚未稳定、免疫功能不完善，对外界刺激更为敏感，易诱发腹泻。
- 感染性因素：病毒感染（轮状病毒、诺如病毒）常引发急性腹泻，表现为稀水便，可伴低热或无热；细菌感染（大肠杆菌、沙门氏菌）多致黏液便或脓血便，可能伴随发热、腹胀；寄生虫感染（贾第虫等）罕见但需警惕，多表现为慢性腹泻，免疫低下新生儿风险升高。
- 喂养相关因素：喂养量/频率不当（如过度喂养、间隔过短）、配方奶冲泡错误（浓度/温度异常）可刺激肠道；乳糖不耐受或牛奶蛋白过敏在配方奶喂养新生儿中常见，前者表现为吃奶后腹胀、稀便，后者伴皮疹、血便；母乳喂养时母亲饮食变化（如高油高糖）也可能诱发婴儿腹泻。
- 过敏或免疫相关因素：牛奶蛋白、大豆蛋白过敏可引发腹泻、皮疹，需规避过敏原；严重联合免疫缺陷等先天性免疫缺陷病，因免疫低下易反复感染导致腹泻，需基因检测确诊；新生儿肠道菌群未稳定，抗生素使用或环境变化可致菌群失调，引发功能性腹泻，优先非药物调节。
- 其他因素：腹部受凉（如室温低、包裹过薄）影响肠道蠕动，引发功能性腹泻；败血症、脑膜炎等全身感染可继发腹泻，需警惕伴随发热、精神差等症状；氨基糖苷类抗生素等药物损伤肠道黏膜，母亲药物经母乳传递也可能诱发腹泻，用药需遵医嘱。
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