新生儿啼哭主要有四方面原因，一是通过啼哭开启自主呼吸模式完成从宫内到宫外呼吸方式的转变，二是借助啼哭时胸腔压力变化排出呼吸道黏液以保持通畅，三是通过啼哭反馈对外界复杂环境不适应来寻求适宜生活照料，四是与神经系统初步反应相关，其不同表现可反映神经系统发育及对外界刺激适应状态。
一、建立呼吸功能
胎儿在宫内时依赖胎盘进行气体交换，出生后需自主通过肺呼吸。啼哭能促使胸廓扩张，让空气进入肺部，完成从宫内到宫外呼吸方式的转变，这是新生儿啼哭最主要的生理原因之一。新生儿出生后通过啼哭开启自主呼吸模式，实现气体交换，维持生命活动，例如正常足月儿出生后会迅速啼哭以启动有效的肺通气。
二、清除呼吸道黏液
胎儿在宫内时呼吸道可能存在少量黏液，啼哭时产生的胸腔压力变化等有助于将呼吸道内的黏液排出，保持呼吸道通畅。比如啼哭时的呼吸动作能促使黏液从呼吸道排出，避免黏液堵塞影响呼吸，这对新生儿呼吸系统的正常功能维持至关重要，若呼吸道黏液未及时排出可能导致呼吸不畅等问题。
三、适应外界环境
新生儿出生后从相对恒温、安静且被羊水包围的宫内环境转变到外界相对复杂的环境中，外界的光线、温度等变化都可能让新生儿通过啼哭来反馈，是对外界环境不适应的一种表达，通过啼哭引起家人关注，寻求适宜的生活照料，例如当外界温度与宫内有差异时，新生儿可能会用啼哭来提示需要调整环境温度等。
四、神经系统发育相关
新生儿出生后的啼哭与神经系统的初步反应有关，神经系统感知外界刺激后通过啼哭做出反应，是神经系统逐步发育并对外界刺激产生反应的体现。不同的啼哭表现可能在一定程度上反映神经系统的发育情况以及对外界刺激的适应状态等，比如神经系统发育尚不完善时，对刺激的反应可能通过啼哭来呈现，随着神经系统逐渐成熟，啼哭的表现也会趋于更有规律和针对性。
