新生儿拉稀原因包括生理性因素（肠道功能未熟母乳喂养可致每日多次糊状便随月龄改善）、感染性因素（病毒感染如轮状病毒致秋冬水样或蛋花汤样便伴发热呕吐，细菌感染如大肠埃希菌致黏液脓血便伴发热萎靡）、非感染性因素（乳糖不耐受致酸臭稀便伴泡沫，牛奶蛋白过敏伴湿疹呕吐）及其他因素（腹部受凉致蠕动加快，用抗生素破坏菌群平衡）。
一、生理性原因
新生儿肠道功能尚未完全发育成熟，母乳喂养的新生儿可能出现生理性拉稀。母乳中富含低聚糖等成分，有助于肠道有益菌生长，部分新生儿每日排便次数可达6~8次甚至更多，大便多呈金黄色、糊状，无明显黏液、脓血等异常表现，这是正常生理现象，主要与新生儿肠道消化吸收特点相关，随月龄增长可逐渐改善。
二、感染性因素
（一）病毒感染
常见如轮状病毒感染，多发生于秋冬季节，可引起新生儿腹泻，大便多为水样或蛋花汤样，无腥臭味，常伴有发热、呕吐等症状。研究表明轮状病毒主要通过粪-口途径传播，侵犯新生儿肠道上皮细胞，影响肠道正常吸收功能导致拉稀。
（二）细菌感染
如大肠埃希菌等细菌感染，可导致新生儿出现黏液脓血便，同时可能伴有发热、精神萎靡等表现。细菌感染多因新生儿接触污染的物品或食物，细菌侵入肠道引发炎症反应，破坏肠道黏膜屏障，影响正常消化吸收，进而引起拉稀。
三、非感染性因素
（一）乳糖不耐受
新生儿体内乳糖酶缺乏或活性不足时，无法完全消化母乳或配方奶中的乳糖，未被消化的乳糖在肠道内被细菌分解发酵，产生气体，引起腹胀、腹泻等症状，大便多为酸臭的稀便，可能伴有泡沫。
（二）牛奶蛋白过敏
部分新生儿对牛奶蛋白过敏，除了出现拉稀症状外，还可能伴有皮肤湿疹、呕吐等表现。这是因为新生儿免疫系统对牛奶蛋白中的某些成分过度反应，引发肠道炎症，影响肠道功能导致拉稀。
四、其他因素
新生儿腹部受凉也可能引起拉稀，寒冷刺激导致肠道蠕动加快，影响消化吸收功能，出现排便次数增多、大便性状改变等情况。此外，新生儿肠道微生态尚未稳定，若使用抗生素等药物，可能破坏肠道正常菌群平衡，引发拉稀。
