硫酸软骨素滴眼液总体安全性较高，常见副作用多为眼部轻微刺痛、灼热感等短暂反应，少数敏感者可能出现过敏或症状加重，需注意区分常见反应与异常表现。
- 常见轻微副作用主要为眼部局部刺激，如短暂刺痛、异物感，多因个体眼表黏膜敏感性差异导致，通常无需特殊处理，停药后可自行缓解；若症状持续超过30分钟未减轻，需暂停使用并就医。
- 特殊人群需谨慎使用。儿童方面，低龄儿童眼部结构未发育完全，自行使用可能增加刺激风险，建议由医生评估后决定；老年人若合并干眼症、结膜炎等基础病，用药期间需密切观察症状变化，避免与其他药物叠加使用；孕妇及哺乳期女性因缺乏明确安全性数据，若无必要不建议自行使用，需经专业医生评估。
- 药物联用可能增加副作用风险。与抗生素、激素类滴眼液联用可能延缓眼部炎症愈合或降低眼表抵抗力，建议用药前告知医生正在使用的其他药物；与人工泪液联用建议间隔15分钟以上，避免影响吸收。
- 长期使用需注意潜在风险。长期使用可能破坏眼表菌群平衡，增加继发感染风险（尤其眼表有破损时）；过量使用会加重眼部负担，建议严格遵医嘱或说明书用药，每日使用次数不超过推荐值。
