他克莫司软膏可能引发局部皮肤反应，初期较常见轻至中度不适，儿童尤其是婴儿幼儿需谨慎且密切观察；长期或不恰当使用会增加感染风险，有皮肤破损等情况或易感染人群要留意感染迹象；少量患者用后可能出现神经系统相关不适，特定人群需关注症状变化；长期使用可能对免疫系统有潜在影响，免疫系统有问题的患者使用需谨慎评估；儿童使用时因身体未完全成熟风险相对更高，要严格遵医嘱并密切观察多方面表现及保持用药部位皮肤清洁卫生。
感染风险
长期或不恰当使用他克莫司软膏可能增加感染的风险。有研究表明，在特应性皮炎患者使用他克莫司软膏治疗过程中，若皮肤出现破损等情况，合并细菌、真菌等感染的概率会有所上升。对于有皮肤破损病史或本身易患感染性疾病的人群，如糖尿病患者（因血糖控制不佳易继发感染）、免疫功能低下者等，使用他克莫司软膏时要格外留意皮肤状况，一旦出现局部红肿、发热、有异常分泌物等感染迹象，应及时就医。
神经系统相关影响
有少量研究发现，个别患者使用他克莫司软膏后可能出现神经系统相关的不适，如头痛等，但这种情况相对较为罕见。对于本身有神经系统基础疾病或易受神经系统症状影响的人群，如偏头痛患者等，使用他克莫司软膏时需密切关注自身头痛等神经系统症状的变化情况，若头痛等症状加重或出现新的神经系统异常表现，应及时向医生反馈。
对免疫系统的潜在影响
目前认为他克莫司通过抑制免疫系统发挥作用，长期使用可能对免疫系统有一定影响，但总体来说在临床应用中需根据具体病情权衡利弊。对于本身免疫系统存在问题，如患有自身免疫性疾病正在进行其他免疫抑制治疗的患者，使用他克莫司软膏时要谨慎评估，因为可能存在免疫系统过度抑制的风险，需在医生的严密监测下使用。
对儿童的特殊考量
儿童使用他克莫司软膏时，由于其身体发育尚未完全成熟，各系统对药物的反应可能与成人不同。婴儿和幼儿使用时更要严格遵循医生的指导，因为他们发生上述各种副作用的风险可能相对更高，在使用过程中要密切观察皮肤反应、感染迹象以及是否出现神经系统等方面的异常表现，同时要注意保持儿童用药部位皮肤的清洁卫生，避免搔抓等不良行为加重皮肤损害。
