胚胎发育不良受遗传、母体、环境因素影响。遗传因素包括染色体异常致胚胎发育进程障碍、基因缺陷干扰胚胎正常发育；母体因素有内分泌失调（黄体功能不全使胚胎难着床发育、甲状腺功能异常影响胚胎多方面发育）、全身性疾病（糖尿病高血糖致胚胎内环境紊乱、高血压致胎盘血流不足影响胚胎）、感染因素（TORCH感染干扰胚胎发育）、不良生活方式（吸烟饮酒减少胎盘血流、干扰胚胎细胞过程致发育不良）；环境因素包含化学物质接触干扰胚胎细胞功能发育、辐射暴露致胚胎细胞DNA损伤引发发育异常。
基因缺陷：某些单基因的缺陷也会引发胚胎发育不良。比如一些与胚胎早期分化、器官形成密切相关的基因发生突变，就可能干扰胚胎的正常发育过程。以特定的先天性心脏病相关基因缺陷为例，若胚胎携带此类缺陷基因，会影响心脏发育相关的细胞分化、组织构建等环节，导致胚胎在心脏发育阶段出现异常，进而影响整体的胚胎发育状况。基因缺陷可能来自父母双方的生殖细胞，无论是男性还是女性胚胎，都可能因为亲代传递的缺陷基因而面临胚胎发育不良的风险。
母体因素
内分泌失调
黄体功能不全：女性黄体分泌的孕激素对于维持子宫内膜蜕膜化、为胚胎着床和发育提供良好的宫内环境至关重要。当黄体功能不全时，孕激素分泌不足，子宫内膜容受性降低，胚胎难以着床或着床后容易发生流产、发育不良等情况。例如，在排卵后，正常女性黄体期孕激素水平应逐渐升高并维持一定时间，若黄体功能不全，孕激素水平达不到胚胎发育所需的标准，就会影响胚胎在子宫内的生长发育。这种情况在不同年龄的女性中都可能出现，尤其是年龄较大的女性，黄体功能相对更容易出现问题。
甲状腺功能异常：甲状腺激素对胚胎的生长发育起着不可或缺的作用，它参与了细胞的代谢、分化等多个过程。甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响胚胎的神经系统发育、骨骼发育等。研究表明，孕妇甲状腺功能减退会增加胚胎发育不良、流产、胎儿智力发育迟缓等风险。而甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会干扰胚胎的正常发育进程，导致胚胎发育异常的概率升高。不同性别胚胎在母体甲状腺功能异常时受到的影响机制类似，都是通过影响与胚胎发育相关的代谢和细胞活动来发挥作用。
全身性疾病
糖尿病：患有糖尿病的孕妇，如果血糖控制不佳，高血糖环境会通过胎盘影响胚胎。高血糖可导致胚胎内环境紊乱，影响胚胎细胞的糖代谢，进而干扰细胞的增殖、分化等过程。例如，高血糖会使胚胎处于高渗状态，引起胚胎脱水，同时还会影响胚胎血管的形成，导致胚胎营养供应不足，从而引发胚胎发育不良。无论是1型糖尿病还是2型糖尿病孕妇，若血糖控制不理想，都可能对胚胎发育产生不良影响，而且这种影响在孕期的不同阶段都可能存在，对男女胚胎的影响程度和机制基本相似。
高血压：妊娠合并高血压会导致胎盘血流灌注不足。高血压使得子宫螺旋动脉重塑不足，胎盘血管阻力增加，胚胎获得的氧气和营养物质减少，影响胚胎的正常发育。长期的高血压状态还可能引起胎盘血管内皮损伤，进一步加重胎盘功能不良，增加胚胎发育不良、胎儿生长受限等风险。不同年龄、不同性别的孕妇在患有高血压时，胚胎都可能因为胎盘血流灌注问题而面临发育不良的情况，只是在病情严重程度不同时，对胚胎的影响程度有所差异。
感染因素
TORCH感染：T（弓形虫）、O（其他，如梅毒螺旋体等）、R（风疹病毒）、C（巨细胞病毒）、H（单纯疱疹病毒）等病原体感染。例如风疹病毒感染，孕妇在妊娠早期感染风疹病毒，病毒可通过胎盘传播给胚胎，影响胚胎的细胞分裂、器官形成等过程，导致胚胎出现先天性白内障、心脏畸形、耳聋等多种发育不良的表现。不同病原体感染胚胎的机制有所不同，但都会对胚胎的正常发育造成损害，而且对于不同性别的胚胎，感染后的影响在整体发育不良的表现上可能有一定差异，但核心都是干扰了胚胎正常的发育程序。
不良生活方式
吸烟饮酒：孕妇吸烟时，烟草中的尼古丁等有害物质会通过胎盘进入胚胎体内，影响胚胎的血管收缩和舒张功能，减少胎盘血流，同时还会导致胚胎缺氧、营养供应不足。饮酒则会使酒精通过胎盘进入胚胎，酒精会干扰胚胎细胞的有丝分裂、蛋白质合成等过程，影响胚胎的生长发育。无论是男性胚胎还是女性胚胎，在母体吸烟饮酒的不良生活方式下，都容易出现发育不良的情况，而且随着吸烟饮酒量的增加，胚胎发育不良的风险也会相应升高。对于处于不同年龄阶段的孕妇，这种不良生活方式对胚胎的影响程度可能有所不同，一般来说，年龄较大的孕妇在不良生活方式下胚胎发育不良的风险相对更高。
环境因素
化学物质接触：孕妇接触某些化学物质，如苯、甲醛、农药等。这些化学物质可能通过呼吸道、皮肤等途径进入母体体内，然后通过胎盘影响胚胎。例如，长期接触苯的孕妇，苯会干扰胚胎的造血系统发育等过程，导致胚胎出现血液系统相关的发育异常，进而影响整体的胚胎发育。不同化学物质对胚胎发育不良的影响机制各异，但都会对胚胎的正常细胞功能和发育过程产生干扰，而且对于不同性别的胚胎，接触相同化学物质时受到的影响在一些特定发育环节上可能有差异，但总体都是损害胚胎的正常发育。
辐射暴露：孕妇接受过高剂量的辐射，如医疗辐射（如多次进行X线检查等）、职业性辐射等。辐射会导致胚胎细胞的DNA损伤，引起基因突变、染色体畸变等，从而影响胚胎的正常发育。例如，大剂量辐射可能使胚胎细胞分裂受阻，器官形成障碍等。不同剂量的辐射对胚胎发育不良的影响程度不同，低剂量辐射可能引起轻微的发育异常，高剂量辐射则可能导致严重的胚胎发育停止等情况，而且无论胚胎性别如何，辐射对其发育的不良影响机制主要是基于对细胞遗传物质和代谢活动的干扰。
