孕期自慰本身不会导致胎儿畸形，两者没有直接的致病关系。
胎儿畸形主要与染色体异常、病毒感染、药物影响、辐射、有害物质接触等因素相关，自慰只是一种生理行为，不会改变胎儿的结构发育。自慰产生的性兴奋只会引起子宫轻微收缩，这种收缩强度远低于分娩时的宫缩，在正常妊娠情况下，不会对胎儿器官形成造成伤害，也不会直接诱发畸形。孕期只要身体状态稳定，没有特殊禁忌，适度的生理需求不会影响胎儿健康。
但需要注意的是，如果孕期存在先兆流产、胎盘位置低、宫颈机能不全、反复出血等高危情况，自慰引发的收缩可能增加流产或早产风险，这与畸形无关，而是会影响妊娠稳定性。同时不注意卫生可能引发生殖道炎症，严重时可能间接影响宫内环境。因此关键不在于是否会致畸，而在于个人身体状况是否适合这类行为，确保安全卫生才是重点。
如果孕期有腹痛、出血等不适，应及时就医检查，遵医嘱判断是否适合相关行为。
