扁平疣的治疗需结合抗病毒、免疫调节及物理干预，常用方法包括外用维A酸类/水杨酸制剂、冷冻/激光物理治疗及干扰素凝胶，特殊人群需在医生指导下选择方案。
外用药物是基础治疗手段，常用维A酸乳膏（促进角质代谢）、水杨酸软膏（溶解角质）及咪喹莫特乳膏（调节局部免疫），通过直接作用于疣体或抑制病毒复制发挥作用。使用时需注意局部皮肤反应，如红肿、脱皮，孕妇及哺乳期女性慎用刺激性药物。
物理治疗适用于疣体数量少、孤立的情况，包括液氮冷冻（通过低温破坏疣体）、二氧化碳激光（精准去除病变组织）及电灼术。治疗后需保持创面干燥清洁，避免感染，糖尿病或免疫功能低下者需评估感染风险，必要时延长护理周期。
免疫调节剂如重组人干扰素α-2b凝胶，通过增强局部免疫应答清除HPV病毒，适用于反复发作或数量较多的扁平疣。使用需坚持2-4周，部分患者可能出现局部瘙痒、红斑，需暂停使用并咨询医生。
中医治疗可作为辅助手段，如鸦胆子仁捣烂涂擦（需严格控制范围）、板蓝根/大青叶煎剂外洗，但缺乏大规模循证医学证据，建议在专业医师指导下进行，避免自行操作导致皮肤灼伤或感染。
特殊人群需格外谨慎：孕妇、哺乳期女性、儿童及免疫低下者（如HIV感染者）禁用刺激性药物（如水杨酸、高浓度维A酸）；物理治疗前需评估伤口愈合能力，糖尿病患者优先选择低创性方案，防止感染加重。
