玫瑰糠疹的发病机制尚未完全明确，目前主流观点认为与人类疱疹病毒（尤其是HHV-6和HHV-7）感染后诱发的免疫反应密切相关，部分患者存在遗传易感性，环境或生活方式因素也可能起到诱发作用。
病毒感染是公认的重要诱因，研究显示约60%-80%的患者在发病前存在HHV-6或HHV-7感染证据，病毒侵入后在体内潜伏，当机体免疫力下降时被激活，引发免疫应答，导致皮肤出现特征性红斑和鳞屑。儿童及青少年为病毒感染后免疫激活的高发人群，可能与该年龄段免疫系统活跃度及既往病毒感染暴露有关。
免疫反应在发病中起核心作用，病毒感染激活T淋巴细胞释放炎症因子，引发皮肤角质形成细胞异常增殖和炎症浸润，表现为椭圆形红斑、覆有糠状鳞屑，典型的“母斑”与“子斑”分布模式可能与局部免疫微环境失衡相关。长期熬夜、精神压力大导致免疫力下降的人群，可能因免疫监视能力减弱，增加病毒再激活风险。
遗传因素对发病有一定影响，研究发现HLA-B13、HLA-Cw6等人类白细胞抗原基因与玫瑰糠疹易感性相关，携带相关基因的人群在病毒感染后更易触发免疫级联反应。有家族患病史的人群发病风险较普通人群高，但并非直接遗传，而是遗传背景增加了对病毒和免疫因素的反应性。
环境及生活方式因素可能诱发或加重病情，春季等季节变化、潮湿气候、接触刺激性物质可能影响皮肤屏障功能，增加病毒暴露后的发病概率。精神紧张、过度劳累导致免疫力下降，或存在过敏体质（如湿疹、哮喘病史）的人群，因免疫系统稳定性差，可能诱发玫瑰糠疹。
