长期甲减（尤其是未规范治疗者）会显著增加心血管疾病（如冠心病、心力衰竭）、骨质疏松症、血脂异常、神经认知功能障碍及抑郁等精神问题、生育及妊娠并发症（如流产、早产）等疾病风险。
心血管系统疾病方面，甲减致代谢率降低，血脂谱异常（总胆固醇、低密度脂蛋白胆固醇、甘油三酯升高），血管内皮功能受损，动脉粥样硬化加速，冠心病（心绞痛、心肌梗死）、心力衰竭（射血分数降低型）及心动过缓、房室传导阻滞等心律失常风险升高。老年甲减患者心血管事件发生率较正常人群高2-3倍，中青年甲减患者需关注亚临床甲减向临床甲减进展的风险叠加。
骨质疏松与骨折风险上，甲状腺激素调节骨骼代谢，甲减时破骨细胞活性降低、成骨细胞功能受抑，骨量流失加速。女性绝经后及老年甲减患者骨密度较正常人群低10%-15%，椎体、髋部骨折风险升高1.5-2倍；儿童甲减未干预可致骨骼发育迟缓、身高增长受限，青少年骨龄落后影响最终身高。
血脂代谢异常表现为甲减抑制肝脏代谢酶活性，胆固醇合成增加、清除减少，游离脂肪酸利用障碍，总胆固醇、低密度脂蛋白胆固醇、甘油三酯升高，高密度脂蛋白胆固醇降低，形成致动脉粥样硬化血脂谱，与心血管风险正相关。合并肥胖、糖尿病家族史者需加强血脂监测。
神经认知与精神心理疾病中，成人甲减患者常见记忆力减退、注意力不集中，儿童甲减未干预致智力发育迟缓（智商较正常儿童低5-10分）、学习能力下降；长期甲减与抑郁、焦虑风险增加相关，老年患者易出现“甲减性痴呆”早期表现，需结合甲状腺功能指标与神经心理量表综合评估。
