胚胎发育不良可能是遗传因素、感染因素、内分泌因素等导致的。
1.遗传因素
染色体异常是导致胚胎发育不良的重要原因之一。如果父母一方或双方存在染色体数目或结构异常，如染色体平衡易位、倒位等，可能会遗传给胚胎，导致胚胎染色体异常，从而影响胚胎的正常发育，出现胚胎停育、流产等情况。
2.感染因素
孕妇在怀孕期间感染某些病毒、细菌或寄生虫等病原体，可能会对胚胎的发育产生不良影响。例如，风疹病毒、巨细胞病毒、弓形虫等感染，可通过胎盘进入胎儿体内，引起胎儿器官发育畸形、生长受限等问题，导致胚胎发育不良。
3.内分泌因素
孕妇体内激素水平的变化对胚胎的发育较为重要。如果孕妇存在内分泌失调，如黄体功能不足、甲状腺功能减退、糖尿病等，会影响胚胎的着床和生长发育。黄体功能不足会导致孕激素分泌不足，使子宫内膜发育不良，不利于胚胎的着床和生长；甲状腺功能减退会影响胎儿的神经系统发育。
