猫叫综合征病因是第5号染色体短臂部分缺失即5p缺失综合征属染色体病，多因亲代生殖细胞减数分裂时染色体片段缺失随机发生，诱因不明可能与孕妇接触放射性物质、化学毒物、病毒感染等有关，家族有染色体异常疾病患者后代风险升高，高龄孕妇生育风险增加，男性携带者也有遗传风险。
从遗传学角度来看，多数情况下是由于亲代（通常是父方或母方）的生殖细胞在减数分裂时发生染色体片段的缺失所致。这种染色体的缺失是随机发生的，目前确切的引发亲代生殖细胞染色体片段缺失的具体诱因尚不完全明确，但可能与一些遗传易感性因素以及环境因素等有关。比如，可能与孕妇在妊娠期间接触了某些放射性物质、化学毒物（像苯等有机溶剂、某些农药等）、受到病毒感染等因素存在一定关联，但这些关联都还需要更多的科学研究进一步去明确其具体的作用机制和确切的影响程度。对于有家族遗传倾向相关情况的人群，比如家族中有过染色体异常相关疾病患者的，其后代发生猫叫综合征的风险可能会相对有所升高，但这也不是绝对的，只是相对而言存在一定的遗传易感性差异。在年龄方面，高龄孕妇生育猫叫综合征患儿的风险可能会有所增加，这是因为随着女性年龄的增长，卵细胞发生染色体不分离等异常的概率会相应提高。而对于男性而言，虽然目前研究发现男性携带者导致后代患病的情况相对女性可能相对少见一些，但也不能完全排除相关的遗传风险。
