隐性脊柱裂的病因包括遗传因素，其有遗传倾向且不同遗传方式待明确；胚胎发育时期因素，如神经管闭合异常（与孕期缺乏叶酸等有关）、环境因素影响（接触放射线、化学毒物、感染病毒等）；其他因素，包括孕期母体健康状况（患糖尿病、高血压等慢性疾病影响）和年龄因素（高龄孕妇生育风险相对高）。
胚胎发育时期的因素
神经管闭合异常：在胚胎发育的早期，一般是受孕后的22-28天左右，神经管需要完成闭合过程。如果在这个关键时期受到各种因素影响，就可能导致神经管闭合不全，进而引发隐性脊柱裂。例如，孕妇在妊娠早期缺乏叶酸等重要营养素，叶酸对于细胞的分裂和生长以及神经管的正常形成至关重要，缺乏叶酸会显著增加胎儿神经管畸形包括隐性脊柱裂的发生风险。
环境因素影响：孕妇在妊娠期间接触某些有害物质也可能影响胚胎发育。比如，接触放射线，过高剂量的放射线暴露会干扰胚胎细胞的正常分裂和分化，影响脊柱的正常发育；接触一些化学毒物，如某些工业化学制剂等，这些物质可能通过胎盘影响胚胎，导致神经管闭合异常，从而引发隐性脊柱裂。另外，孕妇感染某些病毒，如风疹病毒等，病毒可能通过胎盘感染胎儿，影响胚胎发育过程，增加隐性脊柱裂的发生几率。
其他因素
孕期母体健康状况：孕妇患有某些慢性疾病也可能对胎儿脊柱发育产生影响。例如，孕妇患有糖尿病，高血糖环境可能干扰胚胎的代谢过程，影响神经管等结构的正常形成；孕妇患有高血压，若血压控制不佳，可能导致胎盘血流灌注异常，进而影响胎儿的营养供应和正常发育，增加隐性脊柱裂等神经管畸形的发生风险。
年龄因素：孕妇的年龄也与隐性脊柱裂的发生有一定关系。一般来说，高龄孕妇（年龄大于35岁）生育的胎儿患隐性脊柱裂等神经管畸形的风险相对较高。这可能与随着年龄增长，孕妇体内的生理状况发生变化，如卵子质量下降、身体的代谢和修复能力有所减弱等因素有关，这些因素综合作用可能影响胚胎的正常发育，使神经管闭合异常的几率增加。
