矢状缝早闭与遗传因素相关，单基因遗传中成纤维细胞生长因子受体基因突变可致颅缝早闭综合征且多为常染色体显性遗传，多基因遗传结合环境等因素增加双胞胎发病风险；基因突变包括胚胎自发突变及孕期接触放射性物质、化学毒物等环境诱发突变；环境因素有孕期营养不均衡、感染如风疹病毒及不合理用药等，这些均会影响胎儿颅缝发育致矢状缝早闭。
1.单基因遗传关联：某些单基因遗传疾病可引发矢状缝早闭，以成纤维细胞生长因子受体（FGFR）基因相关疾病为例，FGFR1、FGFR2、FGFR3基因突变可致颅缝早闭综合征，其中包含矢状缝早闭，遗传方式多为常染色体显性遗传，若家族存在相关基因突变携带史，双胞胎发生矢状缝早闭风险因遗传物质传递可能升高，两个胚胎均可能存在相关基因缺陷。
2.多基因遗传倾向：矢状缝早闭还与多基因遗传有关，多个基因微小变异共同作用，再结合环境等因素影响，会增加双胞胎发病风险，家族虽无明显单基因遗传疾病特征，但存在颅缝发育异常家族倾向时，双胞胎发病风险会提升。
基因突变
1.自发突变影响：胚胎发育中可能出现自发基因突变，致使颅缝相关基因功能异常，干扰颅缝正常生长与融合，使矢状缝过早闭合，双胞胎中可能同时发生，因胚胎发育相对独立又受相似微环境影响，两个胚胎都易出现导致矢状缝早闭的基因突变。
2.环境诱发突变：孕期母亲接触放射性物质、某些化学毒物等环境因素，可诱发基因突变，增加双胞胎矢状缝早闭风险，孕期不良环境暴露会干扰胚胎颅缝发育相关基因正常功能，使两个胚胎都可能受影响而出现矢状缝早闭。
环境因素
1.孕期营养不均衡：孕期母亲营养不均衡，如缺乏维生素D、钙等关键营养素，会影响胎儿颅缝正常发育，增加矢状缝早闭发生风险，双胞胎依赖母亲营养供应，若母亲孕期营养状况差，两个胎儿均可能面临颅缝发育相关营养不足情况，提升矢状缝早闭可能性。
2.孕期感染影响：孕期母亲发生病毒感染，如风疹病毒感染等，病毒可通过胎盘影响胎儿颅缝发育，致矢状缝过早闭合，双胞胎在宫内共同环境下，受感染影响概率相对较高，病毒可能同时作用于两个胚胎，干扰颅缝正常形成。
3.孕期药物干扰：孕期母亲不合理使用某些药物，药物可通过胎盘进入胎儿体内，影响胎儿颅缝相关细胞分化、增殖等过程，导致矢状缝早闭，双胞胎同样因母亲孕期药物暴露面临相同药物干扰风险，不同药物虽影响机制不同，但均可能破坏颅缝正常发育进程
