肾结石可引发疼痛（包括肾绞痛、腰部钝痛）、血尿（肉眼或镜下血尿）、排尿异常（尿频、尿急、尿痛）等症状，还可能出现恶心、呕吐、发热寒战、排尿中断、肾功能受损表现等其他症状，不同年龄人群症状有差异，儿童、女性特殊时期及有基础疾病者症状各有特点。
腰部钝痛：部分患者表现为腰部或上腹部的隐痛、胀痛，多是因为较大的结石在肾盂或肾盏内压迫、摩擦，导致局部平滑肌张力增加引起。一般疼痛程度相对肾绞痛较轻，但持续时间可能较长。
血尿
肉眼血尿或镜下血尿：结石活动时，会损伤肾盂、输尿管黏膜，导致毛细血管破裂出血，从而引起血尿。多数患者表现为镜下血尿，即通过显微镜检查尿液可发现红细胞；少数患者可出现肉眼可见的血尿，尿液呈洗肉水样或鲜红色。血尿通常在活动后加重，这是因为活动会使结石与黏膜的摩擦加剧。例如，相关临床统计表明，约80%的肾结石患者会出现不同程度的血尿。
排尿异常
尿频、尿急、尿痛：当结石合并感染或结石位于输尿管膀胱壁段时，可刺激膀胱黏膜，引起尿频、尿急、尿痛等膀胱刺激症状。尿频是指排尿次数增多，尿急是指突然有强烈的排尿意愿且难以控制，尿痛是指排尿时尿道或耻骨上区疼痛。这是由于结石刺激膀胱三角区及膀胱颈部，导致膀胱功能紊乱所致。
其他症状
恶心、呕吐：肾绞痛发作时，疼痛可刺激消化道，引起反射性的恶心、呕吐。患者常伴有面色苍白、出冷汗等表现，呕吐后疼痛症状可能不会立即缓解。这是因为内脏神经与交感神经存在关联，肾脏的疼痛信号可通过神经传导引起消化道的反应。
发热、寒战：如果肾结石合并尿路感染，患者可能出现发热、寒战等全身感染症状。这是由于细菌在感染的尿液中繁殖，引发炎症反应，导致体温升高。当感染严重时，还可能出现畏寒、高热等表现，体温可高达38℃以上甚至更高。例如，约10%-15%的肾结石患者会合并尿路感染并出现发热等症状。
排尿中断：多见于膀胱结石，当结石在膀胱内活动，堵塞尿道内口时，可导致排尿突然中断，改变体位后又可继续排尿。但如果是肾结石引起的排尿中断相对较少见，不过当结石排入输尿管下段并移动到膀胱入口处时，也可能出现类似情况。
肾功能受损表现：长期存在的较大肾结石，可能导致尿路梗阻，进而影响肾功能。早期可能无明显症状，随着病情进展，可能出现尿量减少、水肿（尤其是下肢水肿、眼睑水肿等）、高血压等表现。这是因为尿路梗阻后，肾脏的尿液排出受阻，导致肾功能逐渐受损，体内水钠潴留以及肾素-血管紧张素-醛固酮系统激活等因素可引起上述表现。
对于不同年龄的人群，症状可能有所差异。儿童肾结石相对较少见，但一旦发生，可能更易出现呕吐、发热等全身症状，且由于表述能力有限，可能表现为哭闹不安等；女性在月经期间或孕期等特殊时期，肾结石引起的症状可能因身体状况不同而有所变化；有基础疾病如糖尿病、免疫缺陷等的患者，发生肾结石后出现感染等并发症的风险更高，症状可能更复杂，且病情进展可能更快。
