长期止咳水上瘾会在神经系统层面致功能紊乱、记忆力减退、注意力不集中等尤其儿童受影响更严重，呼吸系统层面影响气道纤毛运动、引发呼吸道感染或诱发哮喘等，心血管系统层面致心律失常、血压波动增心脑血管事件风险，心理层面致情绪障碍、认知功能改变，其他方面致免疫功能下降、社会功能受损如家庭关系紧张、社交脱离、工作能力下降等。
神经系统：长期止咳水上瘾可能导致神经系统功能紊乱。研究表明，成瘾者常出现记忆力减退，这是因为药物成分影响了大脑海马体等与记忆相关区域的神经递质平衡。还可能出现注意力不集中的情况，大脑的神经传导通路受到干扰，使得对信息的接收、处理和整合能力下降。对于儿童等特殊人群，神经系统发育尚未完全，受影响可能更为严重，会阻碍其正常的学习和认知发展。
呼吸系统：长期滥用止咳水可能对呼吸系统造成损害。例如，会影响气道的正常纤毛运动，纤毛原本起到清除气道异物和分泌物的作用，当纤毛功能受抑制后，气道的自洁能力下降，容易引发呼吸道感染，出现咳嗽、咳痰加重等症状。对于有基础呼吸系统疾病的人群，如哮喘患者，可能会诱发哮喘发作，导致病情加重，影响肺功能，降低生活质量。
心血管系统：部分止咳水中的成分可能影响心血管系统。可能引起心率失常，一些物质会干扰心肌细胞的电生理活动，导致心跳节律异常。还可能使血压出现波动，长期使用可能导致血压不稳定，对于本身有高血压等心血管基础疾病的人群，会增加心脑血管事件发生的风险，如脑卒中等。
心理层面的后遗症
情绪障碍：长期止咳水上瘾者往往存在情绪障碍。容易出现抑郁情绪，由于药物改变了大脑中的神经递质水平，如5-羟色胺等，导致情绪调节失衡。也可能出现焦虑情绪，对未来产生无端的担忧和恐惧。在青少年等特殊人群中，心理发育还不成熟，情绪障碍可能会影响其正常的社交和心理成长，导致社交退缩等问题。
认知功能改变：会影响认知功能，包括思维迟缓、决策能力下降等。长期的药物作用干扰了大脑的思维过程，使得思考问题的速度变慢，难以进行复杂的思维活动。在决策时，由于认知功能受影响，可能无法做出合理、正确的判断，这对于成年人的工作、学习等方面产生负面影响，对于学生群体则会严重影响学业成绩。
其他方面的后遗症
免疫功能下降：长期滥用止咳水会影响免疫功能。研究发现，成瘾者的免疫细胞活性降低，免疫球蛋白水平异常，从而使身体的抵抗力下降，更容易受到各种病原体的侵袭，频繁患病。对于老年人等免疫力相对较低的特殊人群，免疫功能下降会使其健康状况进一步恶化，增加感染性疾病的发生概率和严重程度。
社会功能受损：长期止咳水上瘾会导致社会功能受损。在家庭方面，可能引发家庭关系紧张，因为成瘾者的行为和经济等问题会影响家庭的和谐。在社会交往中，由于自身的身心状态不佳，可能逐渐脱离正常的社交圈子，工作能力下降，无法正常履行工作职责，从而影响职业发展，导致失业等情况，进一步加剧生活困境。
