扁桃体肥大有诸多危害，对儿童影响生长发育、神经系统等，对成人致睡眠质量下降、引发心血管疾病等，还可引发耳部中耳炎、吞咽及言语功能问题、全身免疫相关问题，婴幼儿易致严重缺氧危及生命，妊娠期女性影响胎儿供氧，老年人加重身体负担等。
对成人的影响：成人扁桃体肥大引起呼吸道梗阻时，会导致夜间睡眠质量下降，出现白天嗜睡、乏力等症状，影响日常生活和工作效率。长期的呼吸道梗阻还可能引发高血压、心脏病等心血管系统疾病，因为机体缺氧会刺激血管收缩，增加心脏负担，长期下去容易导致血压升高，诱发心律失常等心脏问题。
耳部相关危害
扁桃体与耳部通过咽鼓管相连，扁桃体肥大可能引起咽鼓管堵塞，从而导致中耳炎。儿童时期咽鼓管相对较短、宽且直，扁桃体肥大更易通过咽鼓管累及中耳。中耳炎会导致听力下降，儿童可能出现对声音反应迟钝、学习时注意力不集中等情况，影响其语言发育和学业成绩；成人则会出现听力减退，影响正常的社交和工作交流。例如，临床统计显示，约有一定比例的复发性中耳炎与扁桃体肥大相关。
吞咽及言语功能危害
吞咽方面：扁桃体肥大可能会使患者吞咽时感到不适，出现吞咽困难的情况，尤其是在进食固体食物时更为明显。这会影响患者的营养摄入，长期可能导致营养不良。例如，一些扁桃体肥大较严重的患者，由于吞咽困难，会减少食物的摄入，进而出现体重减轻、身体虚弱等情况。
言语方面：肥大的扁桃体可能会影响发声，导致言语不清，尤其是某些涉及口腔共鸣的发音会受到影响。对于儿童来说，可能会影响其正常的语言交流和社交能力发展；成人则可能影响其在工作、社交场合中的沟通效果。
引发全身免疫相关问题
扁桃体是人体免疫系统的一部分，正常情况下发挥着免疫防御功能。但当扁桃体反复肥大、发炎时，可能会导致免疫系统出现紊乱。一方面，过度活跃的免疫反应可能会攻击自身组织，引发风湿性关节炎、肾小球肾炎等自身免疫性疾病；另一方面，长期的扁桃体炎症处于活跃状态，会消耗过多的机体能量和免疫资源，使机体的抵抗力下降，更容易遭受其他病原体的感染，形成恶性循环。例如，有研究表明，扁桃体反复感染与风湿性心脏病的发生存在一定关联，风湿性心脏病患者中，有相当一部分在发病前有扁桃体反复发炎的病史。
特殊人群的特殊危害
婴幼儿：婴幼儿扁桃体肥大引起的呼吸道梗阻可能更为危险，因为婴幼儿的呼吸道相对狭窄，一旦发生梗阻，容易导致严重的缺氧，甚至危及生命。同时，婴幼儿无法准确表达不适，家长需要密切观察其呼吸、睡眠等情况，一旦发现异常应及时就医。
妊娠期女性：妊娠期女性扁桃体肥大可能会在孕期加重，因为孕期身体的生理变化可能会影响呼吸道的状况。呼吸道梗阻可能会影响孕妇的血氧供应，进而影响胎儿的氧气供应，对胎儿的生长发育产生不利影响，增加胎儿宫内缺氧的风险。
老年人：老年人本身身体机能逐渐衰退，扁桃体肥大引起的各种危害可能会对其身体造成更大的负担。例如，呼吸道梗阻可能会加重心肺功能的负担，导致心脑血管疾病发作的风险增加；耳部并发症可能会进一步影响老年人的听力，而听力下降又会影响其社交和心理健康，导致孤独感增加等问题。
