尿囊素在临床规范使用中副作用较少，但特殊人群及不当使用时可能出现局部刺激、过敏反应等情况。
局部刺激反应
外用尿囊素（如皮肤黏膜修复类制剂）时，少数人可能出现皮肤刺激症状，表现为用药部位发红、瘙痒、轻微灼热感或脱屑。这与药物对皮肤黏膜的直接作用及个体皮肤耐受性差异有关，通常在停药后可自行缓解。
过敏反应风险
过敏体质者使用后可能出现过敏反应，如皮疹、荨麻疹、面部或肢体肿胀，严重时可发生呼吸困难等过敏性休克症状。一旦出现过敏迹象，应立即停药并及时就医。
口服制剂胃肠道不适
口服尿囊素（用于胃溃疡等辅助治疗时）偶见胃肠道不适，包括恶心、腹泻或胃部轻微疼痛。此类反应通常较轻微，若持续不缓解需咨询医生调整用药方案。
特殊人群安全性注意
孕妇、哺乳期女性及儿童使用前需评估获益与风险，目前缺乏足够临床数据支持其在特殊人群中的安全性，必须在医生指导下谨慎用药，避免自行使用。
不当使用的潜在风险
长期或大面积外用可能增加药物经皮肤吸收后的潜在系统影响，过量使用也会加重局部刺激症状。建议严格按照说明书或医嘱规定的剂量与疗程使用，避免擅自延长使用时间或扩大使用范围。
