肛瘘的主要治疗手段为手术治疗，药物仅作为辅助措施用于控制急性感染、缓解症状或促进愈合。临床常用药物包括抗生素、局部外用药及中药制剂，具体选择需结合病情阶段及个体情况。
一、抗生素类药物：适用于肛瘘急性感染期（如脓肿形成、红肿疼痛明显时），可短期使用甲硝唑、头孢类抗生素控制感染扩散。需注意避免长期滥用，以防耐药性及肠道菌群失调。
二、局部外用药：1. 高锰酸钾溶液坐浴：每日早晚各1次，浓度以1：5000为宜，通过清洁及氧化作用减轻炎症，促进局部血液循环；2. 硝酸甘油软膏：涂抹于瘘管外口周围，通过改善局部微循环加速肉芽组织生长，适用于术后辅助修复；3. 重组人表皮生长因子凝胶：直接作用于创面，促进上皮细胞增殖，缩短愈合周期，需在无菌操作下使用。
三、中药外用制剂：金黄膏（含黄连、黄柏等）可清热解毒、消肿止痛，适用于脓肿早期或术后炎症期辅助治疗；麝香痔疮膏等可缓解局部疼痛，但需注意其止血作用可能掩盖病情，建议在中医师指导下使用。
四、特殊人群用药提示：儿童肛瘘优先选择温和的局部坐浴及外用中药，避免口服抗生素；孕妇需禁用可能影响胎儿的药物，以高锰酸钾坐浴及安全外用药为主；合并糖尿病、肝肾功能不全者，需严格监测药物代谢，避免药物蓄积。
