开塞露正常使用副作用少，使用不当会有局部刺激、依赖性、电解质紊乱等情况，长期或不恰当使用致直肠黏膜不适，长期依赖致肠道排便反射减弱加重便秘，儿童更易受局部刺激和依赖影响，特殊人群用高浓度甘油类开塞露易致电解质紊乱需谨慎。
局部刺激：长期或不恰当使用开塞露可能会对直肠黏膜产生刺激，引起局部的不适感，如肛门坠胀感等。这是因为开塞露注入直肠后，刺激直肠神经末梢，频繁刺激可能导致直肠黏膜敏感性发生变化。对于儿童来说，由于其直肠黏膜较为娇嫩，更应谨慎使用，避免过度刺激引起不良的局部反应。
依赖性：如果长期依赖开塞露来排便，可能会导致肠道自身的排便反射功能减弱，使得肠道对正常的排便刺激不敏感，进而加重便秘的情况。从年龄角度看，成年人如果长期不合理使用开塞露也可能出现这种依赖性问题，而儿童由于肠道功能还在发育阶段，更易因依赖开塞露而影响正常肠道功能的建立。
电解质紊乱：高浓度的甘油类开塞露如果大量使用，可能会导致肠道内渗透压改变，在极端情况下可能影响电解质平衡。不过一般正规使用下这种情况较少发生，但对于本身存在电解质代谢问题的特殊人群，如患有肾脏疾病等的患者，使用时需要格外谨慎，因为他们的电解质调节能力较弱，可能更容易受到开塞露使用的影响。例如肾功能不全患者，其对体内电解质的平衡调节本就存在一定障碍，使用不当的开塞露可能进一步打乱电解质平衡。
