肛瘘常见肛周反复流脓，瘘管分泌物经外口流出量时多时性质分急慢且刺激致肛周瘙痒；瘘管不畅或感染时局部肿胀疼痛，感染重伴全身症状；外口流脓刺激致肛周瘙痒难耐，长期搔抓可致皮肤破损呈湿疹样变，女性生理期等可使瘙痒更明显需注意局部清洁。
一、肛周反复流脓
肛瘘患者最常见的症状之一是肛周反复流脓。瘘管内会持续产生分泌物，这些分泌物会经外口流出，脓液量多少不一，时有时无。脓液的性质可因病情阶段而异，急性期脓液通常较多且呈脓性，慢性期脓液相对较少且可能较稀薄。脓液不断刺激肛周皮肤，会导致患者感觉肛周瘙痒不适。
二、肿痛
一般情况下，当肛瘘瘘管通畅时，患者可能无明显疼痛。但当瘘管引流不畅，脓液积聚在瘘管内或周围组织时，会出现局部肿胀疼痛，疼痛程度可轻可重。若发生急性感染，除了局部剧烈肿痛外，还可能伴有发热等全身症状，体温可出现不同程度的升高，提示炎症反应较为明显。
三、瘙痒
由于肛瘘外口持续流出的脓液不断刺激肛周皮肤，患者会感到肛周瘙痒难耐。长期的瘙痒会导致患者不自觉地搔抓肛周皮肤，进而可能引起皮肤破损，进一步加重瘙痒症状，甚至可引发肛周皮肤出现湿疹样改变，表现为皮肤粗糙、脱屑等，严重影响患者的生活质量，尤其在儿童肛瘘患者中，过度搔抓可能影响其正常生活和睡眠。对于女性肛瘘患者，在生理期时，由于局部生理环境变化，可能会使瘙痒等症状更为明显，需特别注意局部清洁卫生。
