新型隐球菌性脑膜炎与结核性脑膜炎（结脑）的鉴别需结合病史、临床表现、影像学特征及实验室检查。隐脑多见于HIV、糖尿病、长期激素使用者等免疫低下人群，脑脊液墨汁染色或隐球菌抗原阳性为关键诊断依据；结脑常伴结核病史，脑脊液糖/氯化物显著降低、ADA升高及结核PCR阳性可明确鉴别。
结脑多有结核病史或接触史，免疫功能正常者更常见，尤其未规范治疗的活动性结核感染；隐脑好发于AIDS、恶性肿瘤、长期免疫抑制剂使用者，部分患者有鸽粪暴露史，新型隐球菌广泛存在于鸽粪及土壤中，提示感染源差异。
结脑起病较缓，以低热、盗汗、消瘦等结核中毒症状起病，头痛渐进性加重，颅神经损害（如面瘫、视力下降）常见，意识障碍出现较晚；隐脑起病隐匿，头痛剧烈伴喷射性呕吐，早期可出现精神异常或癫痫发作，眼底视乳头水肿显著，严重时快速进展至意识障碍。
结脑头颅MRI增强可见基底池、脑沟裂弥漫性脑膜强化，伴脑室扩大及脑实质结核瘤；隐脑呈弥漫性脑膜强化，脑实质内多发小脓肿或肉芽肿，无典型结核瘤，部分患者脑室内可见异常信号，脑室扩张程度较结脑轻。
脑脊液压力：隐脑常>400mmH?O，结脑多<300mmH?O；生化指标：结脑糖<2.2mmol/L、氯化物<120mmol/L、蛋白<1g/L、ADA>10U/L；隐脑糖<2.5mmol/L、蛋白>1.5g/L、氯化物正常；病原学：结脑抗酸染色或结核PCR阳性，隐脑墨汁染色或隐球菌抗原检测阳性。
