肛瘘是肛管或直肠与肛周皮肤相通的肉芽肿性管道，其主要症状有流脓（外口间断或持续流少量脓性、血性、黏液性分泌物，新瘘流脓多且稠臭，久瘘时有时无且稀薄，继发感染时增多）、肿痛（通畅时不明显，感染或脓液排出不畅时局部肿痛，生理期或孕期更明显）、瘙痒（分泌物刺激致肛周瘙痒，皮肤可呈湿疹样变）以及复杂、反复发作、感染严重时出现发热、寒战、乏力等全身症状，且肛瘘一般不自愈需及时就医，不同人群症状有差异但上述为典型表现。
流脓：是常见症状，肛瘘外口会间断或持续流出少量脓性、血性、黏液性分泌物。分泌物的多少因瘘管的长短、复杂程度而异。新生成的肛瘘流脓较多，脓液黏稠、黄色、有臭味；时间较久的瘘管流脓较少，或时有时无，呈白色、稀薄状。若脓液突然增多，可能是瘘管继发感染。儿童肛瘘患者因瘘管较浅，流脓相对较易观察到。
肿痛：一般疼痛不明显，当瘘管通畅时，通常无明显疼痛。但当瘘管感染或脓液排出不畅而肿胀发炎时，会感到局部肿痛，疼痛程度因炎症轻重而异。疼痛可为持续性胀痛或跳痛，行走、活动时可加重。在女性生理期或孕期，由于身体激素变化及局部充血等因素，肿痛可能会较平时更明显。
瘙痒：由于肛瘘外口流出的分泌物刺激肛周皮肤，患者会感到肛周皮肤瘙痒，皮肤可因搔抓而出现湿疹样改变，如皮肤粗糙、增厚、色素沉着等。长期的瘙痒会影响患者的生活质量，尤其是儿童肛瘘患者，过度搔抓可能会导致皮肤破损，增加感染风险。
全身症状：一般肛瘘无全身症状，但当肛瘘复杂、反复发作、感染严重时，可出现发热、寒战、乏力等全身症状。尤其对于年老体弱或免疫功能低下的患者，全身症状可能更明显，如老年肛瘘患者身体机能下降，感染后更容易出现全身感染表现。
肛瘘一旦形成，通常不会自愈，需及时就医治疗。不同年龄段、不同身体状况的患者，肛瘘的症状可能会有一些表现差异，但总体上述症状是较为典型的肛瘘相关表现。
