大脑炎后遗症可引发运动功能障碍、认知障碍、语言障碍、癫痫发作及精神行为异常等问题，运动功能障碍表现为肢体力量减弱等影响生活学习；认知障碍体现为记忆、注意力、学习能力下降；语言障碍有构音、表达、理解困难；癫痫发作是脑内神经元异常放电致抽搐等；精神行为异常包括情绪、行为及精神症状异常，分别影响不同人群的生活、学习、社交等方面。
认知障碍
患者可能出现认知方面的问题，例如记忆力减退，难以记住近期发生的事情、人物等；注意力不集中，很难长时间专注于某一件事情；学习能力下降，对于新知识的接受和掌握变得困难。这是由于大脑炎损伤了与认知功能相关的脑区，如海马等对记忆有重要作用的区域。儿童患者的认知障碍可能会严重影响其在学校的学习表现，导致学业成绩落后；成年患者则可能在工作中出现效率降低、决策困难等情况。
语言障碍
部分大脑炎后遗症患者会有语言障碍，表现为说话不清，出现构音障碍，难以准确发出某些音节；或者表达困难，不能用恰当的词语来表达自己的想法和需求；还有可能出现理解障碍，不能正确理解他人所说的话语含义。语言中枢相关脑区受损是导致语言障碍的原因，儿童患者的语言发育会受到严重干扰，影响其与外界的正常交流；成年患者则会在社交和职业活动中面临沟通困难的问题。
癫痫发作
大脑炎后遗症患者有发生癫痫的风险，表现为突然出现的抽搐、意识丧失、口吐白沫等症状。这是因为大脑炎导致脑内神经元异常放电，当放电达到一定程度时就会引发癫痫发作。儿童癫痫发作可能会影响其脑部的进一步发育，并且在发作时存在意外伤害的风险；成年患者癫痫发作可能会影响其日常生活和工作，甚至可能因为发作时的意外情况危及生命。
精神行为异常
一些患者会出现精神行为方面的异常，比如情绪不稳定，容易出现烦躁、焦虑、抑郁等情绪；行为怪异，做出一些不符合常理的行为动作；还可能出现幻觉、妄想等精神症状。这与大脑炎对脑内神经递质系统和相关精神调节区域的影响有关。儿童患者的精神行为异常可能会影响其心理健康和社会适应能力；成年患者则可能导致家庭和社会关系的紧张。
