肛瘘有流脓、肿痛、瘙痒及全身症状等表现，流脓是主要症状之一，外口间断或持续流出少量脓性等分泌物，量与肛瘘类型、病程等有关；肿痛一般平时不明显，感染或脓液排出不畅时会疼，外口封闭脓液积聚时局部红肿热痛伴全身症状，不同人群肿痛表现受自身因素影响；瘙痒因分泌物刺激肛周皮肤致瘙痒及湿疹样改变，不同人群瘙痒感受有别；复杂性肛瘘反复发作可致发热等全身症状，不同人群出现全身症状情况不同且受自身因素影响。
表现：是肛瘘的主要症状之一，肛瘘外口会间断或持续流出少量脓性、血性、黏液性分泌物。分泌物的量多少与肛瘘的类型、病程长短等有关。例如，单纯性低位肛瘘分泌物相对较少；而复杂性肛瘘，由于瘘管分支较多，分泌物往往较多。
影响因素：当肛瘘处于活动期时，分泌物可能会增多，而在静止期则相对减少。患者的生活方式也有一定影响，比如久坐可能导致局部血液循环不畅，使得分泌物排出不畅，从而使流脓症状相对更明显。对于不同年龄的患者，儿童肛瘘患者由于身体代谢相对活跃等因素，分泌物情况可能与成人有所不同，但总体表现为外口有异常分泌物排出。
肿痛
表现：一般情况下，肛瘘平时疼痛不明显。但当瘘管感染或脓液排出不畅而肿胀发炎时，可引起疼痛。疼痛程度不一，可为胀痛、跳痛等。如果肛瘘外口暂时封闭，脓液积聚，局部会出现明显的红肿热痛，甚至可伴有发热等全身症状。
影响因素：不同性别患者在肿痛感受上可能无明显差异，但女性在特殊生理期，如月经期，身体抵抗力相对较低，可能会使肿痛症状相对更明显。对于有基础病史的患者，如糖尿病患者，由于其血糖控制不佳时，身体抵抗力下降，肛瘘的肿痛症状可能更易加重，且感染不易控制。
瘙痒
表现：由于肛瘘外口流出的分泌物刺激肛周皮肤，患者会感到肛周瘙痒，皮肤可出现湿疹样改变，如肛周皮肤潮湿、粗糙、增厚等。
影响因素：年龄较小的儿童，皮肤相对娇嫩，肛瘘分泌物刺激后瘙痒感可能更明显，且由于儿童可能不能准确表达瘙痒，可能会出现搔抓肛周等行为。生活方式方面，长期处于潮湿环境中工作的人群，肛周局部环境更易受到分泌物刺激，瘙痒症状可能更严重。有基础病史的患者，如肛周皮肤本身有基础病变的患者，肛瘘分泌物刺激后瘙痒可能会加剧。
全身症状
表现：复杂性肛瘘反复发作时，可出现全身症状，如发热、寒战、乏力等。这是因为感染扩散，细菌毒素进入血液循环引起的全身炎症反应。
影响因素：老年人由于身体各器官功能减退，免疫力相对较低，肛瘘反复发作时出现全身症状的可能性更大，且全身症状可能持续时间较长，恢复相对较慢。儿童患者在肛瘘出现全身症状时，可能会表现出精神萎靡、食欲减退等情况，与成人的全身症状表现有所不同，但本质都是感染扩散引起的全身反应。有基础病史如免疫缺陷病史的患者，肛瘘发生全身症状的风险更高，且病情可能更复杂，治疗难度相对较大。
