病毒性脑膜炎后的常见后遗症包括认知功能障碍（约10%-15%患者出现，受年龄、病史、生活方式影响）、癫痫发作（约5%-10%患者出现，受年龄、病史、生活方式影响）、精神行为异常（约3%-8%患者出现，受年龄、病史、生活方式影响）、运动功能障碍（约2%-6%患者出现，受年龄、病史、生活方式影响）、视力听力障碍（约1%-3%患者出现，受年龄、病史、生活方式影响）。
表现：部分患者可能出现记忆力减退，尤其是近期记忆力，难以记住新发生的事情；注意力不集中，在学习或日常活动中容易分散注意力；还可能存在计算能力下降等情况。例如一些研究表明，约10%-15%的病毒性脑膜炎患者会出现不同程度的认知功能障碍，在儿童和成人中都有发生，儿童可能表现为学习成绩下降，成人则可能在工作中出现效率降低等问题。
影响因素：年龄方面，儿童的大脑处于发育阶段，相对成人更容易受到病毒性脑膜炎的影响而出现认知功能障碍；病史中，病情严重程度较重、病程较长的患者发生认知功能障碍的风险更高；生活方式上，患病后缺乏足够的康复训练等也可能加重认知功能障碍的程度。
癫痫发作
表现：患者可能会出现不同类型的癫痫发作，如全身性发作，表现为突然意识丧失、四肢抽搐、口吐白沫等；部分性发作，可表现为身体某一局部的不自主抽动等。有研究显示，约5%-10%的病毒性脑膜炎患者在病后可能出现癫痫发作，儿童的发生率相对成人可能略高一些。
影响因素：年龄上，儿童大脑的神经元连接尚未完全稳定，病毒性脑膜炎对其神经元的影响可能更易导致癫痫发作；病史中，脑膜炎病变累及大脑皮质等部位的患者发生癫痫的风险增加；生活方式中，患病后没有规范治疗、过度疲劳等可能诱发癫痫发作。
精神行为异常
表现：患者可能出现情绪波动较大，如焦虑、抑郁等情绪；也可能出现行为异常，如多动、易激惹等。例如一些患者会表现出对周围事物缺乏兴趣，情绪低落，或者出现冲动行为等。在病毒性脑膜炎患者中，约3%-8%可能出现精神行为异常，不同年龄阶段都可能发生，但儿童和青少年相对更常见一些。
影响因素：年龄上，青少年的心理发育尚未成熟，更易在病毒性脑膜炎后出现精神行为异常；病史中，病情导致大脑神经递质平衡失调等情况可能引发精神行为异常；生活方式中，患病后缺乏家人的关心、社会支持不足等可能加重精神行为异常的表现。
运动功能障碍
表现：部分患者可能出现肢体无力，如单侧或双侧肢体力量减弱，影响日常的行走、持物等活动；也可能出现共济失调，表现为走路不稳、动作不协调等。研究发现，约2%-6%的病毒性脑膜炎患者会出现运动功能障碍，儿童发生运动功能障碍的比例可能相对成人稍高，这与儿童运动功能发育的特点以及大脑对运动控制区域的易损性有关。
影响因素：年龄方面，儿童的运动功能处于发展阶段，病毒性脑膜炎对其运动控制相关脑区的损伤可能更易导致运动功能障碍；病史中，病变累及运动相关脑区的患者发生运动功能障碍的风险高；生活方式上，患病后没有及时进行康复训练等会影响运动功能的恢复，加重运动功能障碍的程度。
视力、听力障碍
表现：视力障碍可能表现为视力下降、视野缺损等；听力障碍可表现为听力减退甚至丧失。在病毒性脑膜炎患者中，约1%-3%可能出现视力或听力障碍，不同年龄的患者都有可能发生，但儿童如果在病毒性脑膜炎后出现视力、听力障碍，对其生长发育的影响更为明显。
影响因素：年龄上，儿童的视觉和听觉器官发育尚不完善，病毒性脑膜炎对其相关神经结构的损伤更易导致视力、听力障碍；病史中，病变累及视神经、听神经等相关部位的患者发生视力、听力障碍的风险增加；生活方式中，患病后没有及时就医进行相关检查和干预，可能会延误病情，导致视力、听力障碍难以恢复。
