左旋肉碱一般副作用较少但可能有胃肠道不适、神经系统反应、心血管系统影响等情况，孕妇和哺乳期女性、儿童、有基础疾病人群需特别注意，孕妇和哺乳期女性不建议随意服用，儿童一般不常规服用，有基础疾病人群服用前需咨询医生评估。
左旋肉碱是一种促使脂肪转化为能量的类氨基酸，一般情况下副作用较少，但仍可能出现以下情况：
胃肠道不适：部分人服用后可能出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻等胃肠道反应。例如，有研究发现约2%-3%的服用者会出现不同程度的胃肠道不适症状，这可能与个体对药物的耐受性差异以及药物对胃肠道黏膜的刺激有关。年龄较小的儿童由于胃肠道功能尚未完全发育成熟，相对更易出现此类反应；而有胃肠道基础疾病的人群，如胃炎、胃溃疡患者，服用后胃肠道不适的风险可能更高。
神经系统反应：少数人可能出现头痛、头晕等神经系统症状。不过发生概率较低，大约在1%左右。对于一些本身有偏头痛病史的人群，服用左旋肉碱后可能会诱发偏头痛发作；在生活方式方面，长期熬夜、过度劳累的人服用后，出现头晕等神经系统反应的可能性相对增加。
心血管系统影响：个别情况下可能会引起心悸等心血管方面的不适。虽然发生概率较低，但对于本身有心血管疾病，如心律失常、冠心病的患者，服用左旋肉碱后需要密切关注心血管功能变化，因为存在一定的诱发心血管不良事件的潜在风险。例如有心血管基础疾病的人群服用后，心悸等不适症状出现的风险较健康人群要高。
特殊人群需特别注意的情况
孕妇和哺乳期女性：目前关于左旋肉碱对孕妇和哺乳期女性及胎儿、婴儿的安全性研究还不够充分，为了避免可能存在的未知风险，不建议孕妇和哺乳期女性随意服用左旋肉碱。因为其对胎儿和婴儿的影响尚不清楚，从安全角度考虑，应谨慎使用。
儿童：由于儿童处于生长发育阶段，身体各系统功能尚未成熟，左旋肉碱对儿童的长期影响缺乏足够的研究数据支持。一般不建议儿童常规服用左旋肉碱，只有在明确有医学指征，且经过医生评估认为获益大于潜在风险时，才可在医生指导下谨慎使用。
有基础疾病的人群：如本身有肝肾功能不全的患者，由于药物需要通过肝肾进行代谢，服用左旋肉碱可能会加重肝肾负担，因此这类人群在服用前应咨询医生，评估肝肾功能情况后再决定是否使用以及确定合适的剂量；对于有内分泌疾病的人群，如甲状腺功能亢进患者，服用左旋肉碱可能会对内分泌功能产生一定影响，需要密切监测相关指标。
