甲状腺结节穿刺是相对安全的有创检查，但仍有出血、感染、假阴性结果、损伤周围组织等潜在危害，出血风险在凝血功能异常者等情况会增加，感染风险在无菌操作不严格等时存在，假阴性结果与取材部位等有关，损伤周围组织概率极低但特定人群需谨慎评估。
出血风险
一般情况：穿刺过程中可能损伤血管导致出血，通常表现为穿刺部位局部轻度肿胀、疼痛。在大多数情况下，少量出血可自行吸收，不会造成严重后果。但对于凝血功能异常的患者，如本身患有血友病、长期服用抗凝药物（如华法林等）的人群，出血风险会显著增加，可能导致局部较大血肿形成，压迫周围组织，引起不适症状，严重时可能需要进一步处理。例如，有研究显示，在凝血功能正常人群中甲状腺结节穿刺后出血发生率较低，但在凝血功能异常者中发生率明显升高。
年龄与性别因素：一般来说，老年患者可能因血管弹性较差等因素，出血后恢复相对较慢；而对于女性患者，在月经期间等凝血状态可能有一定变化的时期，进行穿刺时出血风险也可能相对有所不同，但目前相关具体数据相对有限，总体需综合评估凝血状况。
感染风险
一般情况：如果穿刺操作过程中无菌操作不严格，可能会引发穿刺部位感染，表现为穿刺部位红、肿、热、痛，严重时可能出现发热等全身感染症状。不过，在正规医疗机构中，严格遵循无菌操作流程，穿刺感染的发生率较低。例如，大规模的临床统计显示，规范操作下甲状腺结节穿刺感染发生率通常低于1%。
年龄与生活方式因素：儿童由于自身免疫力相对较低，发生感染的风险可能相对高于成年人；长期吸烟、酗酒等不良生活方式的人群，机体抵抗力相对较弱，也可能增加穿刺后感染的可能性。
假阴性结果风险
一般情况：甲状腺结节穿刺有可能出现假阴性结果，即穿刺取材未能获取到具有代表性的病变细胞，导致原本存在病变的结节被误判为良性，从而延误病情的诊断和治疗。这主要与穿刺取材的部位、结节的性质等因素有关。例如，一些囊性为主的结节或者结节内存在坏死、纤维化等情况时，可能影响穿刺取材的准确性，导致假阴性结果的出现，据相关研究报道，甲状腺结节穿刺假阴性率大约在5%-10%左右。
病史因素：对于有过甲状腺结节反复变化、既往有不明确甲状腺疾病病史等情况的患者，假阴性结果的风险可能相对更高，因为其结节的复杂性可能增加了穿刺取材准确判断的难度。
损伤周围组织风险
一般情况：在极个别情况下，穿刺可能会损伤周围的组织，如喉返神经、甲状旁腺等。损伤喉返神经可能导致声音嘶哑等症状，损伤甲状旁腺可能引起低钙血症等。但这种情况发生的概率非常低，在经验丰富的超声医生操作下，发生率通常低于0.1%。
年龄与个体差异因素：儿童由于颈部解剖结构相对更稚嫩，个体差异较大，发生周围组织损伤的风险相对需要更谨慎评估；而对于本身颈部解剖结构存在变异的患者，如既往有颈部手术史等情况，穿刺时损伤周围组织的风险也会相应增加。
