全身麻醉有多种并发症，呼吸系统并发症包括通气不足（麻醉药抑制呼吸中枢致低氧和高碳酸血症，老年患者风险高）、呼吸道梗阻（上呼吸道梗阻有舌后坠、分泌物积聚、喉痉挛等，下呼吸道梗阻多与导管移位、支气管痉挛等有关）、肺不张（呼吸抑制、分泌物积聚致肺泡通气不足，腹部手术患者术后易发生）；心血管系统并发症有低血压（麻醉药致血管扩张，老年患者更易出现且易致脏器灌注不足）、高血压（手术刺激等致，有高血压病史者易致心脑血管意外）、心律失常（麻醉诱导等刺激致，有基础心脏疾病者更易出现）；其他并发症包括术后恶心呕吐（与麻醉药物等有关，小儿发生率高且易误吸）、体温异常（麻醉影响体温调节中枢，小儿和老年易体温降低，手术时间长等易体温升高）、肾功能损害（麻醉药肾毒性或低血压致肾灌注不足，有肾脏基础疾病者风险高）。
通气不足：全身麻醉药物可能抑制呼吸中枢，导致通气量减少。例如，某些强效麻醉药会使呼吸频率减慢、潮气量降低，从而引起低氧血症和高碳酸血症。在老年患者中，由于其呼吸储备功能下降，发生通气不足的风险相对更高，因为老年患者的肺组织弹性减退、胸廓僵硬等因素会进一步影响呼吸功能，使得对麻醉药物抑制呼吸的耐受性更差。
呼吸道梗阻：包括上呼吸道梗阻和下呼吸道梗阻。上呼吸道梗阻常见原因有舌后坠、咽喉部分泌物积聚、喉痉挛等。舌后坠是由于肌肉松弛药物的作用，舌肌松弛后堵塞气道，在儿童中，由于其舌体相对较大，更容易发生舌后坠导致的上呼吸道梗阻；咽喉部分泌物积聚则多发生在术前禁食禁饮不充分的患者，尤其是小儿，小儿胃排空时间较长，术前如果进食奶等食物，更容易在麻醉后出现反流误吸导致咽喉部分泌物积聚引发梗阻。下呼吸道梗阻相对较少见，多与气管导管移位、支气管痉挛等有关，支气管痉挛可能因患者本身有哮喘病史，在麻醉药物刺激或气道操作等因素下诱发。
肺不张：全身麻醉时，患者呼吸运动受到抑制，咳嗽反射减弱，呼吸道分泌物易积聚，导致部分肺泡通气不足，进而引起肺不张。长期卧床的患者本身就有肺不张的潜在风险，而全身麻醉会进一步加重这种情况，尤其是腹部手术患者，术后由于切口疼痛等原因，不敢深呼吸和有效咳嗽，更易发生肺不张。
心血管系统并发症
低血压：麻醉药物可引起血管扩张，导致外周血管阻力降低，从而出现低血压。另外，手术操作中的刺激等也可能导致血压下降。在老年患者中，本身存在动脉硬化等心血管系统的退行性变，血管调节功能较差，更容易出现低血压，而且低血压可能导致重要脏器灌注不足，如脑灌注不足会引起患者意识改变等。
高血压：手术刺激、患者紧张焦虑以及麻醉深度不够等因素都可能引起高血压。对于有高血压病史的患者，术中血压波动较大，如果血压控制不佳，可能导致心脑血管意外，如脑出血、心肌梗死等。例如，原本就患有高血压的患者，在全身麻醉诱导或手术操作刺激时，血压可能急剧升高，需要及时调整麻醉药物等措施来控制血压。
心律失常：麻醉诱导、气管插管、手术操作等均可刺激心脏，引发心律失常。对于有基础心脏疾病的患者，如冠心病患者，心肌供血不足的情况下，更容易出现心律失常。例如，冠心病患者本身存在冠状动脉狭窄，在麻醉相关刺激下，心脏的氧供需平衡被打破，就可能出现早搏、心动过速等心律失常情况。
其他并发症
术后恶心呕吐：这是较为常见的并发症，其发生机制与麻醉药物、手术类型等多种因素有关。例如，阿片类药物是引起术后恶心呕吐的重要因素之一。在小儿患者中，由于其胃肠道功能发育尚未完全成熟，且对麻醉药物更敏感，术后恶心呕吐的发生率相对较高，而且小儿发生恶心呕吐后更容易出现误吸等严重后果，需要特别关注。
体温异常：全身麻醉可能影响体温调节中枢，导致体温异常。如体温降低，多见于小儿和老年患者，因为小儿体表面积相对较大，散热较快，而老年患者体温调节功能减退；体温升高则可能与手术室环境温度、手术时间长等因素有关，长时间手术中，患者暴露部位多，加上手术器械等因素可能导致体温升高，体温过高可能会对机体各器官功能产生不良影响。
肾功能损害：某些麻醉药物的肾毒性以及手术中低血压导致肾灌注不足等均可引起肾功能损害。对于本身存在肾脏基础疾病的患者，如慢性肾病患者，全身麻醉后发生肾功能损害的风险更高，因为其肾脏的代偿功能已经受损，对缺血缺氧等因素更为敏感。
